咸丰十年（1860），九垄山匪郭万淙掠
建宁、
邵武间，
汀州、龙严匪胡熊扰宁洋、永安。林文察随军进剿，擒其党186人。郭万淙遁据邵武上山坊，林文察合军蹙之，降其众，复破胡熊于东板土寨，擒之，擢
参将，换
花翎，赐号固勇
巴图鲁。不久，捐饷五万串，赏副将衔。
咸丰十一年（1861），援救浙江，林文察以孤军两千余人，身陷重围，以少胜多，攻克
江山，晋
副将，晋号乌讷思齐巴图鲁。
汀州、连城相继失陷，林文察回援，破贼金鸡岭，设伏，败之江防，遂拔连城，乘胜克汀州，以
总兵记名。冬，
杭州既陷，调援浙江，林文察领台勇二千人驻
衢州。
同治元年（1862），破
处州贼屯，而
遂昌陷，林文察进军逼之。
李世贤自江山来援，林文察设伏大柘、大庿及石练山之前后，贼至，击走之。夜，贼来劫营，复为伏兵所败，复遂昌，进克
松阳。补四川建昌镇总兵。会总兵秦如虎攻处州，贼弃城遁，并克
缙云，赏提督衔，授福宁镇总兵。
同治二年（1863），台湾不靖，闽浙总督
左宗棠以林文察廉朴勇敢，署福建
陆路提督，令渡台号召旧部，统领诸军。林文察分军攻彰化及斗六，克之，署福建
水师提督。谕降诸庄，贼渠戴万生、林戆晟遁走。
同治三年（1864），破樵溪口贼庄，斩其酋林传，毁张厝庄、四块厝贼巢，戴万生、林戆晟并伏诛。期间与
台湾道丁曰健互相揭发。
太平天国的李世贤、
汪海洋合陷
漳州，林文察仓猝率二百人内渡，遇贼
万松关，寡不敌众，林文察跃马挥刀，手刃数人，不能突围，中枪，殁于阵，赠
太子少保，予
骑都尉兼一
云骑尉世职，谥刚愍。
光绪四年（1878），在漳州建专祠。光绪十五年（1889），赐祭一坛。光绪十六年（1890），由
福建台湾巡抚刘铭传奏请，在台湾省城建专祠。