广东省自然科学基金作为原始创新“源泉”与人才培养“摇篮”的基础研究工作，一直得到广东省委省政府高度重视。

1987年，广东省委省政府就设立广东省自然科学基金，并根据广东经济社会发展需要，于2006年与国家自然科学基金委员会共同设立联合基金，以“立足广东，面向全国”的开放精神吸引全国优秀科研力量共同服务于解决广东经济社会重大基础研究问题。

广东省自然科学基金经费主要来源于省财政预算拨款，同时依法接受国内外社会团体、机构和个人的捐赠。广东省自然科学基金面向广东省，主要资助广东省经济、社会发展的应用基础研究，部分资助自然科学基础研究、应用研究和基础性工作。

根据广东省科学技术发展战略规划和经济建设的需要，择优支持自然科学各学科领域的基础性研究项目，广东省的科学科技进步与人才培养作贡献。

为了支持广东省的基础性研究项目，广东省科学技术委员会于1987年设立了广东省科委科学基金项目，科学基金项目经费从科技三项经费中支出。为了稳定广东省的基础性研究队伍，增强广东省科技、经济的发展动力，从1993年起，在保持广东省科委科学基金项目的基础上，省委、省政府从科技专项中拨出专款，设立了广东省自然科学基金项目（这两个基金项目合并统称为广东省自然科学基金项目）。

同年，成立了广东省自然科学基金管理委员会，作为广东省自然科学基金项目的管理协调机构。办公室设在广东省科技厅社会发展与基础研究处，负责日常事务工作。广东省自然科学基金管理委员会的成立，有力地加强了广东省的基础研究的组织管理，促进了广东省自然科学基础研究的开展。

2018年，广东省人民政府在“三、优化省基础与应用基础研究基金资助体系”任务中，提出“完善联动机制，组建省基础与应用基础研究基金，形成以重大项目为牵引，以重大平台与基地建设为支撑，以面上项目为补充的基础科学资助体系。” 。

2019年4月23日，发布2019～2020年度广东省自然科学基金项目申报指南。

2020年8月1日，发布关于组织申报2021年度广东省基础与应用基础研究基金自然科学基金项目的通知。

2021年6月15日，发布关于组织申报2022年度广东省基础与应用基础研究基金自然科学基金项目的通知。

2021年8月5日，广东省科学技术厅印发《广东省科学技术厅关于广东省基础与应用基础研究基金（省自然科学基金、联合基金等）项目管理的实施细则（试行）》指出，（广东）省自然科学基金是广东省基础与应用基础研究基金的组成部分。

2018年及以前，广东省自然科学基金有三种资助类型：自由申请项目；重点项目；团队项目。

2019年及以后，广东省自然科学基金主要资助2种项目类型：面上项目；杰出青年基金项目。

1.面上项目

支持从事基础与应用基础研究的科学技术人员在自然科学领域内自主选题、自由探索，开展创新性科学研究，促进各学科均衡、协调和可持续发展。

2.杰出青年项目

支持在基础与应用基础研究方面已取得一定成绩的优秀青年学者自主选择研究方向开展创新研究，促进青年科学技术人才快速成长，培育一批有望进入国家和世界科技前沿的优秀学术骨干。

广东省自然科学基金管理委员会办公室是广东省自然科学基金管理委员会日常工作机构，负责受理项目申请，组织评审申请项目，并对资助项目的研究工作和经费使用情况进行检查、督促和总结。

2019年起，广东省基础与应用基础研究基金委员会启动成立，承担省基础与应用基础研究基金（包括省自然科学基金）的管理工作。