顺治四年(1647年),由贡生授
固安知县,历任顺德知府、霸州道。顺治十五年(1658年),擢
大理寺少卿。
顺治十六年(1659年)四月,迁
大理寺卿。十一月,任
江宁巡抚。次年春,弹劾
布政使陈培正庸劣累民,陈培正罢官。时
郑成功盘踞外洋,出没江南滨海州县,朱国治疏言:“欲破狡谋,先度形势。贼众负险,我师远涉风涛,其劳逸不同。贼众熟识海道,我师弓马便捷,其素习不同;水师舟楫,较之
贼船大小悬殊,其攻取不同。臣谓宜以守寓战,凡海边江口,多设
墩台,待贼势困援绝,乘间攻之,自能擒渠献馘。”下所司议行。
顺治十八年(1661年),疏言海防紧要,请移
苏州海防同知于
常熟,移
松江海防同知于上海,各令其
督修沿海桥梁马路墩堡,与各营汛将弁相机策应,使任专而事无歧误,从之。又疏言以
苏州府、
松江府、
常州府、
镇江府四府钱粮抗欠者多,分别造册,绅士一万三千五百馀人,衙役二百四十人,请敕部察议。部议现任官降二级调用,衿士褫革,衙役照赃治罪有差,是为“
奏销案”。
康熙元年(1662年),丁父忧,不候代归。部议擅离职守,革职。
康熙十年(1671年),补任
云南巡抚。康熙十二年(1673年),
吴三桂诡请移籓锦州,并期以十一月二十四日启行。康熙帝念吴三桂久握重兵,恐滋蔓生变,遣侍郎哲勒肯、学士
傅达礼至云南经理其事。朱国治方请增设驿堡,协拨夫马待之,吴三桂与同党
胡国柱、
夏国相、
马宝等遽踞关隘起事。先期三日,邀朱国治及
按察使李兴元、
云南府知府高显辰、
同知刘昆,胁之从逆,皆不屈。朱国治骂贼尤烈,即时遇害。
康熙二十年(1681年),
三藩之乱平定,康熙帝命驿站送朱国治棺材及家属回京。康熙二十一年(1682年),谕曰:朱国治当逆贼吴三桂反叛之初,抗不从逆,遂被杀害,捐躯殉难,深为可悯,其从优议恤。乃加赠
户部右侍郎,予祭葬如典礼,荫一子入
国子监。雍正时,入祀昭忠祠。
《
研堂见闻杂记》:“抚臣朱国治既以钱粮兴大狱,又杀
吴郡诸生一二十人,知外人怨之入骨,适以
丁忧罢。故事:隶旗下者例不丁忧,守丧二十七日,即出视事。公守丧毕,具疏请进止,
朝议许其
终制,另推
新抚韩公世琦。尚未莅位,朱恐吴人为变,仓猝离位,轻舟遁去,吴中为幸。朝议以大臣擅离汛地,拟降五级,而严旨切责,革职为民。后于康熙十一二年复抚
滇中,值
吴三桂变,提去开膛枭示。”