隆庆初年，升任
刑科都给事中。
明穆宗任用
宦官，旨令多从宫中发出。舒化进言：“法律是天下的公理，大小罪犯应该全部交付给法司。不恰当的地方，则由我们疏论、弹劾。如果全然由敕令直接执行，则或喜或怒之事未必恰当，而法司与我们都形同虚设。”明穆宗下诏肯定了他的说法。
冬至到郊外祭天，舒化听到明穆宗的咳声，推断阴阳相遇次数又增加了，请皇帝效法上天培养藏匿的阳气，话语很真切、耿直。有诏书称灾祸又来临了，是因为
部院不处理政事，让
厂卫秘密监察的缘故。舒化与同僚上奏称：“厂卫在京城巡察，希望查办犯法作乱的人、禁锢盗贼。驾驭百官是天子的权力，而纠察非法的人和事，则是御史的职责，岂能由厂卫处置？现在指令他们刺探、查访，必将打开
罗织罪名的大门，施展陷害的权术，祸害善良的人们，使人人屏声静气，不敢移步，从何治理。况且厂卫又不能亲自查访，必然将此事委派给
卫卒，陛下不相信大臣，反而相信此类人吗？”御史刘思贤等人也极力陈述它的危害。明穆宗都不听从。不久，此事最终停止。
校尉背着尸体由北安门出来，兵马指挥孙承芳看见了，怀疑有奸诈，将他囚禁在监狱进行审讯，供词牵连
太监李阳春。李阳春惊惧，向明穆宗诉说。称校尉背的不是死人，出城后才死，孙承芳妄自滋出事端，对校尉施加刑罚。明穆宗相信了他，杖责孙承芳六十，贬为平民。舒化请求将李阳春的奏章下达给法司核查，明穆宗不接受。
隆庆四年(1570)，
热季审讯，他请求释放被囚禁的大臣
郑履淳、
李芳，等到朝廷会审，又请求释放
李巳，他们都得到宽恕。当时
高拱执政，路楷、
杨顺因为诬陷并杀害了
沈炼而判死罪。高拱想改变路楷的处境，称杨顺是祸首，杨顺处死，路楷可以不处死。舒化将狱案文件向高拱展示说：“案狱中本来没有沈炼的姓名。他的姓名被加入，从路楷开始。路楷的确是祸首。”高拱又提议宽恕
方士王金等人的罪过，舒化说：“这是先帝的
遗诏的指示，假如想免罪，应该怎么解释？”与高拱相抵触，被贬出京城，任
陕西参政。他再次上疏请求退休回家。
万历初年，起任
山东参政。升任
太仆少卿，擢
山西按察使。又因病回乡。起任河南按察使。不久，擢升
太仆卿，又请假归乡。起任
光禄卿，舒化推辞不上任。起任南京光禄卿，历任南京
大理寺卿、
刑部左侍郎。平定了
云南、
缅甸的乱贼，
明神宗驾临于
午门楼察看俘虏。舒化宣读奏词，声音洪亮，抑扬顿挫，明神宗的目光盯着他。遇上
刑部尚书空缺，皇帝亲拟诏令录用舒化。舒化上奏称：“陛下的仁慈出自天性。
知府钱若赓、
知州方复乾因为酷刑而死于
戍边。请求申命大小臣僚，让他们各自遵守律法条例，不要滥施酷刑。《
大明律》一书，
明太祖在两厢房中阅览，亲手更改、审定。现在还没有经过详细审议的案子就命令从重治罪，已经审定了的案子又下诏指令加罪而后斩杀，这就是说律法不值得为根据。去年冬天不时下雨下雪，灾异频繁出现，过错就在此处。”明神宗下优诏答复他。遇上续修《
大明会典》，于是他编辑了嘉靖三十四年(1555)以后事例与刑法名称相关的案子三百八十二条，上奏明神宗。明神宗下诏将它告示朝廷内外。
万历十四年(1586)，他响应诏令上奏陈述。请求皇帝讲求诏令的信用，使狱案诉讼清廉，迅速审讯定罪，严格检验，禁止冤屈和滥施刑罚，而以恪守天条、安抚百姓、回归本源的圣心。明神宗接纳并嘉奖了他。明神宗顾虑手下的大臣进行欺骗，间或有人揭发，就派遣官吏去加以逮捕，搜取证据，文书累叠积压。舒化称：“主上治政法则贵在抓住纲要，不应当侵扰有司；徒然使人将过失归咎于皇上，而下属反而借机掩饰过失。”
潞王府的小校因事被
兵马司吏目鞭笞，皇帝恼怒，将吏目逮捕，投入
诏狱，
拷打致死，又将七名捕卒治罪。舒化为此争辩。皇帝下诏将为首的一人治罪，其余的都被宽恕。
第二年，京官考核，南京
科道抨击舒化。于是他多次上疏请求回乡，明神宗不同意。遇上考察囚犯的事，他又开始办公。宦官中的贵人传达皇帝的旨意要宽恕三十多名死囚，舒化争辩主张不宽恕。诏令最后依从了他的建议。不久他称病重，于是回到家乡。去世后，赠封为
太子少保，谥号庄僖。
《
明史》：古称文昌政本，
七卿之任，盖其重矣。
万士和诸人奉职勤虑，异夫依阿保位之流；
刘应节、
王遴、舒化、
李世达尤其卓然者哉。
李汝华司邦计，值兵兴饷绌，请帑不应，乃不能以去就争，而权宜取济，遂与裒刻聚敛者同讥。时事至此，其可叹也夫！