义兵万户府，隶属于宣慰司及行省，是直接复制蒙元官方军队制度而来的地方性非官军武装，多为地方武装，保卫乡里，亦有赴外地作战之类。官员选任有三种，一是政府指派，二是选拔壮勇、奖励战功，三是招揽民间武装。

薛磊以「西平等处义兵百户所之印」印背上刻的「中书礼部刻至正元年八月」为依据，将蒙元制度化义兵的形成时间，从《元史》中记载的1350年七月，向前推至1341年八月。而方志本《平徭记》中两条史料记载显示，元末义兵制度化的时间，在1341年四月之前：

今年春（至正元年春），谭罗率众攻平乐府，遣千户高岷会（议）[义]兵万户答失蛮等捕之。

(至正元年四月)贼（即谭罗）间道走至象州，义兵万户唐勇龙擒之。

徭民从平乐府奔走至象州，「义兵万户唐勇龙」能迅速对其做出反应，这意味着，在1341年四月之前，广西地区已经设置了制度化的义兵，否则无法迅速对逃至象州的徭民做出反应，并擒获之。

再考《（嘉靖）广西通志》，蒙元时「象州建义兵万户府，广西平乐诸处建义兵千户所，宾州建屯田万户所」。徭民在象州被义兵万户唐勇龙擒获，而象州恰好有设立「义兵万户府」的记载。《（宣德）桂林郡志》记载的是桂林府一地之事，象州在桂林府辖区之外，故《（宣德）桂林郡志》中不会收录象州相关内容。《（嘉靖）广西通志》中「象州建义兵万户府」之记载，当另有史源。设官和开府，是义兵军府设置成立的两个标志。徭民逃至象州被「义兵万户唐勇龙」和「象州义兵万户府」史源不同，却可互证。

治平元年（1351年），刘福通在颍州起义，反元复宋战争爆发后，蒙元开始广泛设置义兵军府，相关史料也更加丰富。在照那斯图、薛磊二人整理的一批元末义兵官印中，多有万户府、「千户所」、「百户所」等不同层级义兵军府印，以及「千户」、「百户」、「弹压」等义兵官员印，从实物方面证明了元末义兵是仿照官军制度，设置「万户府」、「千户所」、「百户所」及相应的义兵官员。

「宣忠征行义兵万户府经历司之印」则表明，义兵万户府内还设置专门负责文书行政工作的部门。

在品秩上，余阙在与淮南江北等处行中书省丞相太平的书信中明确记载：「庐州开义兵三品衙门。」元末义兵万户府与官军万户府一样，都属正三品。

在员额设置方面，1354年蒙元镇压高邮张士诚失败后，元廷开始大规模招募义兵力量。龙凤元年（1355年）二月，元廷在天长县设淮东宣慰使司都元帅府统领濠、泗等处义兵，「听言民愿出丁壮义兵五千名者为万户，五百名者为千户，一百名者为百户，仍降降宣敕牌面」。由此可见，元廷仍坚持以官军员数为标准，规范义兵的管理。

在管理机构方面，1350年设置的湖南、道州二处千户所，「于帅府分司处设立，本司（即湖南宣慰使司）调遣。湖北靖州一处，从本省摽拨镇守调遣」；龙凤元年（1355年）二月，又「命准东宣慰司管领濠泗等处义兵万户府及洪泽等处义兵」。因此，行省、宣慰司皆可以提调义兵军府，与蒙元的官军制度并无不同。

义兵军府与官军一样具有上书言事之权。治平二年（1352年）九月，「监察御史及河南分御史台、行枢密院、河南廉访司、巩昌总帅府、陕西都府、义兵万户府等官，交章言御史大夫也先帖木儿出征河南功绩」。

一般而言，义兵多为地方武装，保卫乡里，但也有许多义兵需要赴外地作战。「效忠征行义兵万户府印」「宣忠征行义兵万户府经历司之印」「扬威征行义兵万户府印」三方义兵官印，皆是龙凤七年（1361年）时铸造，「征行」二字表明义兵已离开地方，被整编成军，镇压反元力量。

在官员选任上，义兵军府的官员选任有三种方式。

一是政府指派：治平四年（1354年）脱脱镇压高邮张士诚时，枢密院都事石普总管山东义兵万户府事，招募义兵数万人，随脱脱镇压张士诚；回回人马合穆，因镇压起义军有功，被行省授庐陵县达鲁花赤、权乌东万户府事。

二是选拔壮勇、奖励战功：庐州路梁县人王玉，「以良家子从军」，因镇压起义军有功，被任命为义兵千户；安丰人武德以材略应募义兵，被升为义兵百户，而后又因为战功升义兵千户。

三是招揽民间武装：六安人朱亮祖聚集乡兵捍卫州里，蒙元授以「义兵元帅」；徐寿辉部攻克蕲州路时，康茂才集结义兵，「以捍蔽为务」，抵抗徐宋，蒙元授之以「长官」。

义兵军府无论是在组织架构、员额设置、人员编制和职官任命程序等方面，都是仿照蒙元官军模式而设。究其原因，一方面，军队化组织管理模式之下的义兵，具有更强的战斗力和机动性，能够更好地发挥镇压红巾军、维护蒙元统治的作用。另一方面，元廷也许希望借用严密的军事管理制度，更方便、有效地控制官军体系外的义兵队伍。

在元末战争中，路府州县正官时常兼任义兵军官。比如回回人马合穆以荫补官，授庐陵县井冈巡检。红巾军进入江西后，马合穆因屡立战功，被吉安路达鲁花赤纳速儿丁辟为安成判官，江西行省又授予其「庐陵县达鲁花赤、权乌东义兵万户府事」之官。吉安人刘明道，元末战争中因战功授予吉水州判官，后又升同知、知州，再迁「吉安路治中兼义兵万户」。

路府州县官员兼任「义兵军官」，说明在元末战争中，路府州县官府需要处理义兵军府和军队相关事务，兼具「义兵军府」的职能。从这个意义上说，路府州县官府也可以视为行省和宣慰司直接管理的义兵军府。

地主豪绅以宗族、里社为单位组建的义兵队伍，或直接通过银钱招募等手段组建的义兵队伍，具有很强的私人武装色彩。对路府州县官府来说，当「组织义兵」的环节已经由义兵首领率先完成时，路府州县官府则需要在（行）省通过授官将义兵首领编入行政系统之后，对其进行「管理」。

(行)省多授子地方武装首领官爵或财物，以示奖赏和激励。授官主要分为「军职」和「民职」两种：军职主要有义兵万户、义兵千户和义兵百户；民职涵盖了下至巡检，上至省、院、台官的全部官职，其中「路府州县官」占据了相当的比例。

获封义兵官衔的义兵首领，会因军功升任路府州县官。比如处州路龙泉县义兵首领季汶，率领义兵随石抹宜孙镇压起义，授义兵万户。龙凤四年（1358年），经略使李国凤按蒙元政策，授予季汶龙泉县尹，季汶不受。绍兴路山阴县义兵千户周均佑以功升任万户，又署为常州判官；会稽县义兵千户邵文教，因功绩擢为昆山州判官。

义兵军官以功攉任民官，并不意味着义兵军官的地位低于路府州县官，因为「路府州县官」从县主簿到路达鲁花赤和管民官，中间跨越了许多品级。对于被授予低阶民官的义兵首领来说，成为高阶的义兵军官，也可以视为「升官」。《（成化）处州府志》就记载了义兵首领由县主簿升任义兵万户的案例：「梁焘，字子寿，任松阳县簿，升义兵万户。」

治平四年（1354年）三月，中书省拟定「义兵立功者权任军职，事平授以民职」。「事平授民职」，是因为在起义被镇压后，义兵首领的义兵军职，会随着义兵武装的解散而失去意义，只能通过转授民职，酬劳其在镇压反元起义中的功绩。因此，「义兵军官」只代表了蒙元承认义兵武装在战争时期具有合法性，在国家制度层面上并没有地位可言。义兵首领需要获得蒙元国家制度内的军职或民职，才能在蒙元正式获得政治地位。

在义兵首领充任路府州县官时，普通义兵作为义兵首领募集的私人武装，也在名义上直接隶属于路府州县，实现了由地主衰绅的私人武装向路府州县政府武装的性质转变。比如汪同的兄长汪睿，因与汪同一起聚兵保卫乡里，而被任命为婺源州知州。汪睿族弟汪养中，原是汪睿、汪同组建的义兵武装中的一员，在汪睿充任婺源州知州后，汪养中被提拔为义兵千夫长，成为由婺源州直接管理的义兵。之后，汪养中转隶于汪同麾下，从义兵千户升任婺源州判，兼军镇抚。

义兵首领获授路府州县官，进入国家正式职官序列，而后再凭借战功和个人才能逐级而上，进入宣慰司，甚至进入（行）院、（行）省任职。比如徽州义兵首领汪同在治平二年（1352年）时起兵保卫乡里，治平三年（1353年）被任命为义兵千户。之后几年，又充任余干州知州，升徽州路总管府判官，再迁为浙东道宣慰司同知副都元帅。

元末战争时期，充任路府州县官员的义兵首领掌握着私人武装，还表现在许多义兵首领同时带有军官和民官两种职衔。例如吴讷「建德路判官兼义兵万户」，马合穆为「(吉安路)声陵县达鲁花赤、权乌东义兵万户府事」，郭璞「昭信校尉、瑞安州判官兼义兵千户」，刘明道「吉安路治中兼义兵万户」，黄于渊「权本州（吉安路吉水州）知州兼塘东义兵万户」。

反元复宋爆发后，蒙元在长江与黄河之间的广阔地区设置了诸多义兵军府，具体数量已不可考。《元史·百官志八》仅记录了其中的六个义兵万户府一个义兵千户所。

设于何处不可考。1354年九月，脱脱领督诸王各爱马、诸省各翼军马，南下进攻高邮张士诚。脱脱命时任枢密院都事石普「统山东义兵万户府事，招民义万人以行」。同年十二月，脱脱因朝廷党争，被削兵权，朝廷以河南行省左丞相太不花、中书平章政事月阔察儿和知枢密院事雪雪一同总兵，「总领诸处征进军马，并在军诸王、驸马、省、院、台及大小出军官员，其灭里、卜亦失你山、哈八儿秃、哈怯来等拔都儿、云都赤、秃儿怯里赤、孛可、西番军人、各爱马朵怜赤、高丽、回回民义丁壮等军人，并听总兵官节制。」高邮之战后，山东义兵万户府未再见于史料。

此外，龙凤元年（1355年），太平任准南行省左丞相，兼知行枢密院事，总制诸军驻于济宁，并「议立土兵元帅府，轮番耕战」。「土兵万户府」也是非官军武装。关于「土兵」一词，《元史》中多有记录，如星吉守江州「募土兵，完城池」；信州总管于大本「以土兵备御」。荆门聂炳「募土兵，得众七万」，「土兵」与「乡兵」、「义兵」应当类似。到元末战争中后期，山东地区还存在济宁等处义兵万户田丰、孟本周，泰山义兵万户马云、义兵千户余宝等义兵军官，其行政归属不可考，与「山东义兵万户府」的关系亦不可考。

龙凤元年（1355年）十二月，答失八都鲁「攻夹河贼，大破之」，又「大败刘福通等于太康，遂围亳州，伪宋主遁于安丰」，确立了蒙元在淮河地区的军事优势。同月，蒙元在宿州、武安州分别设立忠义、忠勤义兵万户府。由此可推测，两所义兵万户府的设立可能与答失八都鲁的军事行动有关。

濠泗是蒙元时期南北交通要地。治平四年（1354年），「置统帅濠泗义兵万户府，置司于泗州天长县」。至正十四年，脱脱被削兵权，蒙元于高邮镇压张士诚失败，准海地区相继光复，成廷珪《闰正月二十日闻泗州盱眙同日失守》一诗记载此事。面对元军在淮海地区的节节败退，蒙元对此地行政建制进行调整，龙凤元年（1355年）二月，在天长县设立准东等处宣慰使司都元帅府，管理「濠泗等处义兵万户府并洪泽等处义兵」。

龙凤元年（1355年），淮西青军首领张明鉴率众由含山、全椒转攻六合、天长，后又到达扬州。镇南王孛儿只斤·孛罗不花招之为「濠泗义兵元帅」，「俾驻扬州，分屯守御」。另有钟离人杜亨，亦授予濠泗义兵万户，但时间不可考。

毛葫芦是金、商一带以打猎为生的山民，《元史·朵尔直班传》记载，「金、商义兵以兽皮为矢房，状如瓠，号毛葫芦军」。治平四年（1354年）五月，立南阳、邓州等处毛胡芦义兵万户府，募集土人为义兵，免除差役，助元镇压荆襄等地布王三、孟海马起义军。同年九月，脱脱进攻高邮张士诚时，毛葫芦军亦前往助力：「朝廷命脱脱征高邮，王师号百万。及抵城下，毛葫芦军已有登其城者。疾其功者日：『不得总兵官命令，如何辄自先登？』召其还。再攻，不下。」

治平四年（1354年）高邮之战后，起义军得到恢复的机会。龙凤元年（1355年），赵明远攻克邓、许、嵩、洛诸地，蒙元亦在当地招募毛葫芦军：「命南阳等处义兵万户府召募毛胡芦义兵万人，进攻南阳。」

《元史·百官志八》记载龙凤元年（1355年）四月，「置汴梁等处义兵万户府」，其余信息无考。高邮之战后，刘福通韩宋趁势再起，汴梁等处义兵万户府，应当是为镇压韩宋而设。

设于庐州路。庐州是江淮之间的战略要地，陶安评价其「金斗城坚淝水流，淮西重地控衿喉。」余阙《再上贺丞相书》记载，龙凤元年（1355年）左右，「庐州、安丰别无驻守官军」只有义兵在当地活动。「庐州开义兵三品衙门，而使者悉以富商大贾为之，有一巨商五兄弟受宣者，此岂尝有寸箭之功？」根据余阙之言，庐州路万户应由商人捐资组建和管辖，并受蒙元宣命。

龙凤元年（1355年）正月，郭子兴义军准备攻打和阳，朱元璋献策，利用「庐州路义兵」的番号，伪装成保元义兵智取和阳城：「向攻民寨时，得民兵号二，其文日『庐州路义兵』。今拟制三千，选勇敢士，椎髻左枉，衣青衣，腹背悬之，佯为彼兵，诈入和阳城」。因此，庐州义兵万户府也很有可能设于治平四年（1354年）。