正德十四年(1519),
朱宸濠叛乱,刘源清因为进贤处于交通要道,每日规划守城之策,揭旗大书“誓死报国”四字,并积聚木柴在家周围,命家人说:“如果事急,点燃吾家。”一个仆人逃逸,刘源清手刃了他,
杀鸡儆猴。刘源清杖杀了县中与叛军勾结的诸
恶少。朱宸濠王妃的弟弟娄伯到
上饶募兵,被刘源清招募死士二百人截杀。叛军的
檄文至,刘源清立刻斩杀了使者。正好
余干知县马津、龙津
驿丞孙天祐也起兵抗击叛军。叛军七殿下夺
运舟于龙津,孙天祐与他交战,杀数人。叛军募兵过龙津,孙天祐追杀之,焚其舟。娄氏家众西下,也被孙天祐所阻拦,生擒七十余人。叛军不敢经湖东以窥
浙江,是三个人的功劳。叛军平定,刘源清征为
监察御史。历任
大理寺丞,刘源清称病归乡。
嘉靖六年(1527)夏,任
右佥都御史、
宣府巡抚。刘源清调度军队,每年节省四十万金。
鞑靼大举入侵,
总帅被围,刘源清冒险派军抵御,斩首数十余级,敌军遁去。滴水崖小卒郭春因为诉讼失败,率数百人据城叛乱,称王。刘源清遣卒捕之,为郭春所察觉。
副总兵刘渊下令“止擒
元恶”,以旗绕城而呼。郭春的同党皆逃散,郭春等自杀。
总兵官郤永虐待下属,刘源清弹劾罢官。升任
副都御史。
嘉靖十二年(1533),因边境的警报,升任
兵部左侍郎、
宣大总督。
大同总兵官李瑾修浚天城左孤店
濠沟四十里,监工急迫。士卒王福胜等焚杀李瑾,并焚烧
大同巡抚潘倣的官署。潘倣上奏李瑾
激变,
明世宗命刘源清同总兵郤永讨伐。刘源清贴榜命令解散。而榜中声称五堡之变,处之过宽,五堡余孽大为恐惧。大军至阳和(今
阳高县),潘倣等密捕乱卒,杖杀十余人,捕捉首领王保等七十余人以献,请求回师。刘源清借鉴昔日
胡瓒的事例,克制自己的欲望,将囚犯交给御史
苏祐。囚犯妄言前任总兵朱振失职首乱,且牵连出很多无辜之人。刘源清派遣
参将赵纲入城大肆索要。城中谣传屠城,乱卒于是开始躁动,杀
千户张钦。遇上
佥事孙允中自刘源清的住处来,谕刘源清意,叛乱始定。朱振起初为乱卒所拥立,实际是不想叛乱,拜见刘源清说明冤屈。朱振不能白冤,发愤自杀。
郤永兵临城下,大肆掠夺,五堡余孽全部再次叛乱。迎战,杀游击曹安。
官军攻据四关,昼夜围击。乱卒从监狱里放出前任参将黄镇等,奉为统帅,死守。潘倣与
镇国将军朱俊〈木隐〉等登城,停止进攻。朱俊〈木隐〉见郤永请求缓兵,皆不听。孙允中
缒城而出,言将士妄杀状。刘源清大叱说:“汝为贼游说耶!”欲囚禁他。孙允中不敢归。刘源清因此多设
逻卒,阻止王府及
有司军民
章疏,而请求增派军队至五万。明世宗命侍郎
钱如京、都督江桓统率京军八千前往。明世宗忽然醒悟,停止了援军,专责刘源清、郤永讨贼。潘倣驰疏进言,将士妄杀激变,速
旋师,乱中已。刘源清诋毁潘倣奉承叛军。
张孚敬支持刘源清,侍郎
顾鼎臣、
黄绾进言用兵之谬,明世宗不能决定。围城已久,毁坏了王府及诸
廨舍供爨。
兵部复下安抚令,刘源清也树帜招降,部分叛卒投降。首领黄镇等也分日出见,请求开通
樵采的道路,郤永许诺。次日,采薪者出城,被郤永擒住。城中人愈加恐惧,乱卒再次叛乱,勾借外寇为助力,被郤永击退。叛卒于是引导贼寇十余骑入城,指着
代王府说:“以此为那颜(大人)居。城中人闻之,皆
巷哭。次日,
外寇攻打东南二关,叛卒结为
犄角,官军殊死战,互有杀伤。寇知叛卒不足信赖,倒戈反击,大骂而去。敌军游骑南掠至
朔州、
应州。刘源清请求募集
九边兵,增总制官御之,己得一意攻城,明世宗不许。刘源清于是百道攻城,穴城,为毒烟熏死者很多。再次请求
壅水灌城。明世宗大为不快,夺其职闲住,以
兵部侍郎张瓒代任。张瓒未至,
郎中詹荣等已经捕捉首恶。
黄绾勘定功罪,附和尚书
夏言,称刘源清、郤永实
罪魁,弹劾其受贿无数状。
兵科曾忭等进言,朱宸濠之乱,刘源清有保障功,当蒙
八议之贷。明世宗大怒,将曾忭等打入诏狱,逮刘源清治罪。狱久不决,黄绾
丁忧离任,于是免除死罪,罢官为民。
《
国朝献征录》:忠贞孝友,出自天性,崛起寒素,伟干负气,临义不顾利害。尝有
恩荫,舍其子而荫弟之孤,人以为难,今祀学宫。