弘治三年（1490）
进士，授
兵部给事中。
两畿及
山东、
河南、
浙江发生饥荒，朝廷下诏赈济与抚恤，
所司等候
勘覆。吴世忠极言其弊，条上兴水利、复
常平仓二事，多施行。吴世忠请求抚恤
建文朝殉难诸臣
方孝孺、
练子宁等，请求赐爵位和
谥号，崇
庙食，且录用其子孙，复其
族属，鼓励忠义。奏章下
礼官议论，没有实施。
尚书王恕被揭发，请求辞官，吴世忠上疏请求留任他。寿宁侯
张鹤龄求勘
河间赐地，他的母亲金夫人复求不已。
明孝宗命遣使，吴世忠进言：“侯家仰托肺腑，岂宜与小民争尺寸？命部勘未已，内臣继之。内臣未已，大臣又继之。剥民敛怨，非国家福，龙非
外戚之福。”明孝宗不听。
大同总兵官神英、
副总兵赵昶等，在马市令家人以违禁
彩缯交易马匹，
番人借机潜入私自交易铁器。番人出塞后，复潜兵劫掠
蔚州，攻陷马营，转剽中东二路。神英等拥兵不救，
巡抚刘瓛、
镇守太监孙振隐瞒实情。弘治十一年（1498），事发，吴世忠奉命前往审理。吴世忠上疏备陈大同边备废驰、士卒困苦之状，竭力陈说神英、刘瓛等贪利畏敌，荡无法度。神英罢官，刘瓛、孙振召还，赵昶及
游击刘淮、
参将李屿等都被逮捕审问。刘瓛改任
大理寺少卿，赵昶经过
大理寺丞吴一贯复审，仅判处
镌级。吴世忠再次极论刘瓛之罪，并告发吴一贯，明孝宗皆不问。
阙里文庙受灾，吴世忠上陈八事，不能尽用。
敌军进犯
延绥、大同，吴世忠进言：“国初设七十二
卫所，军士不下百万。近军政日坏，精卒不能得一二万人。此兵足忧也。
太仓之储，本以备军。近支费日广，移用日多。倘兴师十万，
犒赐无所取给。此食足忧也。正统
己巳之变尚有
石亨、
杨洪，迩所用李杲、阮兴、赵昶、刘淮之属，先后皆败。今王玺、马昇又以失事告。此将帅足忧也。国家多事，大臣有以镇之。迩者忠正多斥，贪庸获存。既鲜
匡济之才，又昧
去就之节，安能慑强敌壮国势乎？此任人足忧也。政多舛乖，民日咨怨。京军敝力役，京民苦催科，畿甸觊恩尤切。顾使不乐其生至此，临难谁与死守？此民心足忧也。天变屡征，火患频发。云南地震压万余家，大同马灾踣二千匹。此天意足忧也。愿顺好恶以收人心，肃念虑以回天意，遣文武重臣经略宣、大，以饬边防。策免诸臣不肖者，而起素有才望，如
何乔新、
刘大夏、
倪岳、
戴珊、
张敷华、
林俊诸人，以任国事。则贼将望风远循，而边境可无忧矣。”明孝宗以言多诋毁，切责了吴世忠。后请求大同增置
台堡，以闲田给军耕垦，不征其税。
江西遇上饥荒，盗贼大起，请求选用巡抚，罢免有司贪残者。又请求筑
京师外城。
所司多从其议。升任
吏部左给事中，擢
湖广参议，坐事贬官
山东按察佥事。
正德五年（1510），上奏进言：“占种盗卖，积弊已久。若一一究问，恐人情不安，请量为处分。”得到采纳。
刘瑾被诛，
言官弹劾他曾经请求清核
屯田，助刘瑾为虐。吴世忠生性方正耿直，朝议宽免。升任
大理寺少卿。