顺治三年（1646）
进士，授
吏科给事中。疏请严禁白莲、大成、混元、无为等邪教。又疏请重守令，课以十五事，曰：招流亡，垦荒莱，巡阡陌，劝树艺，稽户口，均赋税，轻徭役，除盗贼，抑豪强，惩衙蠹，赈灾患，济孤寡，濬沟池，治桥梁，兴学校。考其殿最，而大吏以时访察。俱如所奏行。
顺治十年（1653），复原官。时军旅未靖，急转饷，不遑言积贮，林起龙请敕计臣筹画，先实京仓，次及近辅各直省，务使仓有储谷，备水旱，应调发。又言：“满洲兵昔在
盛京，无饷而富；今在京师，有饷而贫。时地既迥异，法制宜更定。凡驻守征行，所需马匹、草束、军装、戎器，悉动官帑筹备，毋使拮据。”疏入，谕曰：“满洲兵建功最多，资生无策，十年来未有言及此者。起龙实心为国，忠诚可嘉。”下部议，以五品京堂用，林起龙疏辞。
顺治十一年（1654），转
刑科，加
大理寺寺丞衔。疏言：“州县吏媚事上官，耗费不赀，请禁革；并请遣廉能大臣巡行各
直省，体察利弊。”既，疏劾
总河杨方兴及
工部尚书刘昌，召刘方兴、刘昌对质，所劾皆不实，部议当流放，上特宥之，降三级调用，左授
光禄寺署正。
顺治十六年（1659），加
太子少保。
考满，荫子入
国子监。疏请更定
绿旗兵制，略言：“有制之师，兵虽少，一以当十，饷愈省、兵愈强而国富；无制之师，兵虽多，万不敌千，饷愈费、兵愈弱而国贫。今绿营兵几六十万，而地方有事，即请满洲大兵，虽多仍不足用。推原其故，总缘将官赴任，召募家丁，随营开粮，军牢、伴当、吹手、轿夫，皆充兵数。甚有地方铺户子侄，充兵免徭。其月饷则归之本管，马兵克扣草料，驿递缺马，亦供营兵应付。是以马皆骨立，鞭策不前。又如弓箭、刀枪、盔甲、火器，俱钝弊朽坏，帐房、窝铺、雨衣、弓箭罩，则竟阙不具。春秋两操，不复举行。将不知分合奇正之势，兵不知坐作进退之法。徒空国帑，竭民膏，虽众何益？推其病有二：一则营兵原以戡乱，今乃责之捕盗；一则出饷养兵，原以备战守之用，今则加以克扣。兵丁所得，仅能存活，又不按月支发，贫乏何以自支？今诚抽练绿旗精兵二十万，养以四十万之饷，饷厚兵精，地方有警，战守有人。不过十年，可使库藏充溢。”下所司议行。
顺治十七年（1660），加
太子太保、
兵部尚书，巡抚
凤阳。时议惩官吏犯赃，视轻重科罪，不许纳赎，林起龙疏请如旧例收赎充饷，下廷议，请从之。上曰：“立法止贪，今因济饷而贷法，如民生何？”绌林起龙议不行。
康熙帝继位，授
漕运总督，迭疏请免滨海移民田地赋额，濬淮城迤南运河，直达
射阳湖，修筑
济宁、
临清诸处堤闸，并请禁运丁毋病民，运弁毋病丁，条议以上，皆从其请。又疏请禁运丁多携货物，稽滞漕运，定分地稽察例。
康熙六年（1667），粮艘至济宁，运丁有多携货物者。事觉，总河
卢崇峻疏陈林起龙言江南漕储道既裁，总漕不任稽察，
御史张志尹纠林起龙不引罪。上以诘林起龙，林起龙谢失职，镌三级
休致。因疾卒于家。
嘉庆四年（1799），
嘉庆帝亲政，阅世祖实录，得林起龙更定绿营兵制疏，谕诸行省督抚整饬营伍，并以所言抽练精兵，是否可仿行，饬妥议具奏。诸行省督抚惮改作，议格不行。