道光七年任
山东巡抚,又因河工大案中犯有主要过咎,部议革职,降为内阁学士,一个月后又授山东巡抚。
道光二十一年(1841年)正月呈递奏折,意在说明战争是万不可能的,只有外交才可能维护国计民生。二月,英占据香港的奏折到达北京,琦善被革去大学士。宣宗降旨“革职锁拿,家产即行查抄入官”。
1840年8月11日,英军舰队进至天津海面,时任
直隶总督的琦善赴天津与英军司令咨会。琦善伙同穆彰阿、伊里布等一向与
林则徐有过节的朝臣向
道光帝夸大英军
军力,诬指林则徐允许
烟片贩卖后又反悔禁烟,激起英国发动战争,将所有战争责任归咎林则徐身上,主张“罢战言和”,要求进行谈判。八月下旬,道光帝任命琦善为钦差大臣赴广东查办,九月初又革林则徐、
邓廷桢职,任琦善署
两广总督兼
海关监督。
1840年11月29日,琦善到达广州,中英广州谈判开始。但由于双方开价差距悬殊,一开始就进入了扯皮阶段。道光帝收到琦善
奏折后,认为英人的要求过分(和
南京条约的内容相似),下令备战。在谈判期间,琦善增铸火炮,并从广东各地调兵至虎门,虎门兵力达到11000人。
1841年1月7日,
谈判破裂,英军发动进攻,虎门战役开始。英军仅以受伤38人的代价即击败清军。1月8日,琦善要求重开谈判,英军同意暂时停战。1月21日,英方公布了《
穿鼻草约》,要求割让
香港岛、赔款600万
银元。由于涉及土地割让,琦善未签字(此条约传至
伦敦,英国政府认为得到利益太少,也未签字)。英军乃于26日,强行占领香港。琦善打算于道光二十年正月十八(1841年2月9日)正式签订《穿鼻草约》,此时,广东士绅声讨琦善,广东的高级官员又站在
怡良一边,琦善不敢签约。
琦善在鸦片战争中被道光“革职锁拿,查抄家产”,发配
军台。后又有人告发其收受英人贿赂。道光帝下令彻查,发现确无此事。琦善在战争中也未有传说的卖国动机与行为。非常有意思的事情是,作为主和派的琦善与作为主战派的林则徐二人,在鸦片战争之后都被发配流放,这种情况在中外尚属罕见。
陶元珍指出“琦善在外交方面应受责备的地方似乎比值得称赞的地方还要多”。他对政府缺乏起码的诚实,对外人“不免卑屈”,对敌方的认识除了船炮的利害而外是“一无所知”,对汉奸式或烟棍式的人物鲍鹏“根本就不该用”。“琦善之未能坚持烟禁便是琦善外交的失败”。
随着鸦片在中国的日益泛滥,禁烟问题提上了紧迫的议事日程。针对这一问题,清廷形成
黄爵滋、林则徐为首的“严禁派”和
许乃济为首的“
弛禁派”。琦善属于哪一派,史学界存在争议。传统观点认为琦善属于“
弛禁派”,理由是他所上的的《遵旨覆议禁烟折》中反对黄爵滋处死吸食者的主张。但也有学者指出,琦善只是反对处死吸食者,在禁烟问题上是赞同黄爵滋的。而且他在直隶总督任上颁布禁烟章程,在天津严防死守,查禁鸦片,卓有成效,因此不可归为弛禁派。