咸丰八年(1858),英军进犯天津,朝廷命瑞麟驰赴
杨村布防。议和达成,英军退兵,
咸丰帝知道和不可恃,急需治理
海防,命瑞麟前往天津修筑
大沽炮台。后署
直隶总督,增建双港炮台,调
福建霆船战船,增募
水师。僧格林沁移师天津,分驻要隘。瑞麟回京,调任
户部尚书,拜
文渊阁大学士,兼管
礼部鸿胪寺、
太常寺。
咸丰十年(1860),充
殿试读卷官,授
内大臣。六月,
英法联军再次进犯天津,瑞麟率京兵万人驻守
通州。僧格林沁屡战失利,英法联军进攻通州,瑞麟和
胜保在
八里桥防御,左右夹击,胜保被大炮所伤而坠马,清军大溃,英法联军逼近
北京。瑞麟迎战于
安定门外,被英法联军击败,罢官。咸丰帝逃至
热河,命瑞麟
扈从行在。同年冬,和议达成,予
侍郎衔,随僧格林沁镇压
山东的
捻军。瑞麟攻打
钜野羊山集,失利,马蹶受伤,退兵
济宁,再次被罢官,召回北京。
同治四年(1865),兼署
两广总督。
信宜、
化州土匪起,瑞麟遣兵平定。太平军康王
汪海洋由
福建逃到
广东大埔,瑞麟遣
副将方耀击退。瑞麟进入福建会剿,收复
诏安、
平和。太平军再次窜入广东,瑞麟连败太平军于
长乐、
镇平。此时,太平军往来于福建、广东、
江西界上,瑞麟和
左宗棠上疏请求三省会剿。朝廷下诏
提督鲍超由江西来援,四面环攻。十二月,歼灭偕王
谭体元于黄沙坝,擒杀汪海洋,太平军余部肃清。捷报上报朝廷,得到优诏嘉奖。