咸丰四年(1854),提督
和春调率所部赴
庐州,郑魁士因进攻屡捷,官复原职。署
安徽寿春镇
总兵。庐州数县失陷,府城敌众粮足,殊死守城。和春只有倚靠郑魁士和
秦定三二人,秦定三分兵攻打舒城,而庐州的进攻仰仗郑魁士。清军围攻一年有余,
安庆、江宁敌军屡次来援,皆被击退。直到咸丰五年(1855)冬,清军攻城愈急,郑魁士潜至城下,以云梯登城攻克。被优叙,加
提督衔。
咸丰六年(1856)春,追敌至
三河,焚其巢穴。郑魁士率兵前往
宿州击破
捻军。
河南巡抚英桂上疏请求郑魁士援救
永城,和春倚靠郑魁士围剿安徽的义军,上疏请求留在安徽,令往来策应。于是迭击捻军于
怀远茅塘集、河溜等处,擒敌将褚淀等四十馀人。又破之于
蒙城,焚其积聚。驻守怀远的捻军来犯,郑魁士被围,力战,身受二十余处创伤,最后解围而去,下诏嘉奖其勇猛,赐
黄马褂。又督
团练败敌于
太和。和春督师江南,下诏安徽军务以郑魁士继任,会同
安徽巡抚福济督办,实授寿春镇总兵。迭克舒城、庐江、
无为,下部优叙,颁赐御用衣服及珍物。又以郑魁士躬冒
锋镝,被创甚剧,特诏嘉奖,赐药调治。先后分兵收复
和州、
潜山。
秦定三攻打
桐城,敌军坚守不下,郑魁士前往支援,击退援军。敌将
石达开往来桐城、安庆,又联系捻军,蔓延安徽、河南之间。下诏秦定三移兵
蒙城围剿捻军,又留下来攻打桐城,以郑魁士代替,会同河南巡抚英桂节制三省剿捻之兵;而桐城兵事方棘,福济再次上疏留住不遣。正值
岁荒饷匮,定三军原取给地方捐给,郑魁士兵至,悉取转供。秦定三上疏争辩,福济一无措置,两军遂成水火。下诏催促郑魁士速赴蒙城,最后没有成行。
咸丰七年(1857)春,
庐江、
潜山失陷,太平军由安庆大举来犯,城中太平军守军出击,官军饥疲不相顾,不战溃围而走。于是下诏免职,罢其剿捻会办,归福济节制。退保庐州,太平军和捻军一起来犯,被郑魁士击败,官复原职。攻克桃镇、派河,进扼
全椒、
滁州以杜北窜。
咸丰十年(1860),以伤病请假,下诏斥责他屡次退却,以总兵降补。跟随
漕运总督袁甲三剿贼,授
甘肃宁夏镇总兵。
《
清史稿》:秦定三、郑魁士并向荣得力之将,和春克庐州,悉赖二人,遂与皖事终始。桐城之溃,由于争饷不和,亦疆臣无调度之方以致之。