咸丰六年(1856年),
曾国荃奉
曾国藩之命,回乡募集三千人马以救援被困江西的曾国藩,郭松林应征入伍。
同治元年(1862),郭松林跟随
李鸿章率
淮军八千人前往
上海,与忠王
李秀成、慕王
谭绍光大战于沪西,破
太平军十万人。会攻
太仓,炮击城毁,士卒争进,浮桥断,太平军乘机出击,战死数百人,郭松林力战,得以保全军队。
同治二年(1863),攻克太仓,郭松林击败太平军于茜泾、
支塘,会克
昆山、
新阳,以
总兵用。李秀成集合水陆大军数十万人救援
江阴,进犯
常熟,
刘铭传出谋划策,乘敌未定而击之。太平军北自北漍,南至张泾桥,东自陈市,西至长寿,纵横六七十里,凭河筑垒,气焰嚣张。刘铭传进攻北漍攻其左,郭松林进攻南漍攻其右,
周盛波等进攻麦市桥为中路,
黄翼升以水师助之。郭松林败敌于陈市,越南漍直取张泾,挥刀冲杀,突击敌阵,鲜血把衣服染成红色,太平军大溃。刘铭传、周盛波等人同破贼,自顾山以西皆尽,以总兵记名。寻克江阴,以
提督记名。又破贼缑山、梅村、麻塘桥,郭松林遭遇矛伤,收复
苏州、
无锡,加头品
顶戴。
同治三年(1864),攻克
宜兴、
荆溪,败太平军于张渚,收复
溧阳,解
常熟之围,授福山镇总兵。大破三河口敌营,敌军争相逃跑,六浮桥尽断,尸体塞河,河水都已经不流了。攻克
常州,进剿
浙西,攻克
长兴,收复
湖州,功劳第一。太平军败走
广德、
徽州,汇合
江宁、
杭州的残军自江西逃往福建。
同治四年(1865),李鸿章命郭松林率五千人渡海救援福建,攻克
漳州、
漳浦、
云霄、
诏安,太平军窜逃
广东嘉应,最后破灭。
同治五年(1866),曾国荃调郭松林率新募湘军围剿
捻军于
德安,攻克
应城、
云梦,再次击败捻军于
皂河、杨泽。追至臼口,中伏,郭松林的脚受伤,卧地不起。将卒不见郭松林,再次闯入阵中,背着他而出。弟郭芳珍战死。郭松林因重伤归乡。
同治六年(1867),郭松林伤愈,李鸿章令郭松林统率万人,号武毅军。东捻首领
任柱已被击毙,余党败走
寿光,郭松林击败捻军于杞城。捻军沿海南走,被
弥河所阻,捻军首领牛喜子率白旗进攻刘铭传军;
赖文光率蓝旗进攻郭松林军。两军猛烈进攻,捻军大溃,寿光村民纷纷出战,捻军投河无数,浮尸二万余人,俘万余人,夺骡马二万匹。捻军首领徐昌先、
范汝增、任定伏诛。赖文光泅水南逃,郭松林疾驰六百里,追至清江。赖文光拼死逃命,至
扬州瓦窑铺,为
吴毓兰所擒。东捻平定。
同治七年(1868)春,西捻进犯
畿辅,郭松林败之于
安平,再破之于
茌平。自
临邑筑长围至
马颊河,郭松林和
潘鼎新、王心安驻守,败捻军于
海丰,追至
德州,历经十六昼夜,斩捕过半。六月,郭松林和潘鼎新大破捻军于沙河,俘斩四千人。捻军败走
黄河、
运河、徒骇
河间,郭松林与刘铭传纵横截击,
张宗禹投水自杀。西捻平定,赐
黄马褂,予
轻车都尉世职。授湖北
提督,驻防
襄阳。
光绪六年(1880),调任
直隶提督。未到一个月,卒于官,原籍湖南及江苏、福建、山东立功省份均建立专祠祭祀,谥武壮。