嘉靖三十五年(1556),升任
广西右
参政。阮鹗因投靠
赵文华、
胡宗宪,
超擢右佥都御史,代替胡宗宪任
浙江巡抚。四月,倭寇进攻
乍浦,阮鹗率军追击至皂林,被倭寇重重包围于
桐乡,长达一旬。阮鹗守卫孤城,数次求救于胡宗宪,胡宗宪不应,城中形势危急。阮鹗持总督红牌,到城下议和,人心摇惑,被阮鹗拒绝,最终倭寇退兵。
程文德在平夷碑的序言上称赞了阮鹗。五月,倭寇攻陷
仙居,阮鹗招募
金华、
台州诸郡兵设伏,经历三战,大破倭寇。阮鹗伏击大败海贼
徐海,生擒巨魁陈东、麻叶、辛五郎。徐海逃至沈庄,
凭险自守,阮鹗率军出战,自寅时至酉时,力战破敌,俘获甚多。
嘉靖三十六年(1557)正月,因赵文华进言,特设
福建巡抚,阮鹗任福建巡抚。起初,阮鹗在浙江不主张
招抚,但自
桐乡被围后,非常害怕。倭寇进犯
福州,贿赂
罗绮、金花及库银数万,又送给倭寇巨舰六艘,让他们满载而归。阮鹗不能想出谋略,于是搜刮民财,动以千万计,
帷帟、
盘盂都是以锦绮金银为之。
御史宋仪望等相继上奏弹劾阮鹗,阮鹗被刑部逮捕。
严嵩指使
法司,仅罢官为民。阮鹗所侵军饷,浮于胡宗宪,被官府追还。