2003年,与
巩向东共同执导剧情电影《
毒中毒》;同年,执导由
赵鸿飞 、
吴婷共同主演的武侠剧《
关西无极刀》,该剧根据电影《双旗镇刀客》改编,讲述了王子和无极刀流落到双旗镇的离奇故事;此外,还执导了由
孟广美、陈龙合作主演的剧情电影《
拉郎配》。
2005年,执导由
申军谊、俞飞鸿、
高虎领衔主演的古装剧《
大明天子》;同年,执导由
宁静、
邓超合作主演的古装剧《
明末风云》。2006年6月6日,执导的古装剧《
争霸传奇》在浙江卫视首播,该剧以“吴越之争”为背景,讲述了吴王夫差、越大夫范蠡与西施之间的爱情故事以及越王勾践与范蠡之间君臣情谊;12月10日,执导的武侠剧《
楚留香传奇》在中央电视台电视剧频道播出,该剧根据古龙同名小说改编。
2007年,与
李翰滔、
赵箭联合执导古装武侠剧《
碧血剑》,该剧根据金庸的同名武侠小说改编。2008年,执导由
陈浩民、
何中华、
吴毅将联合主演的动作电影《
小李广花荣》;同年,执导由陈龙、
陈德容等共同主演的剧情电影《
碧瑶霜迷案》;11月3日,与
李惠民合作执导的古装武侠剧《
少林僧兵》在央视八套黄金时间播出。
2009年3月26日 ,执导的古装电影《
雷横与朱仝》在中国大陆上映,该片由
焦恩俊、
萧蔷、
吴樾联合主演,获得第9届百合奖一等奖影片。2010年,与陈亚洲、
金鳌勋、黄伟明联合执导古装神话剧《
聊斋三》,该剧由
林文龙、
邱泽、
薛凯琪联袂主演;2月14日,执导的古装神话剧《
浙版西游记》上星播出,该剧由
陈司翰、
费振翔、
谢宁联袂主演。
2012年1月23日,与蒲腾晋合作执导的古装剧《
刁蛮俏御医》上星首播,该剧由
张娜拉、
TAE、
高昊联袂主演;8月28日,与曹华合作执导的近代革命剧《
东北往事之江湖儿女》在山东齐鲁频道首播,该剧由
胡兵、
陈紫函、
郭珍霓联袂主演;同年,执导由何中华、
梁小冰、
蒋一铭联袂主演的古装动作电影《
金枪手徐宁》;此外,还执导了由
谭凯、
梁家仁合作主演的动作电影《
病尉迟孙立》,该片讲述了梁山好汉孙立在攻打祝家庄时发生的故事。
2015年,执导由吴毅将、徐亮共同主演的动作电影《
六扇门之绝战》;同年,执导由吴毅将、
徐亮、
陶洋联合主演的古装剧《
六扇门传奇》;5月5日,执导的古装神话剧《
聊斋新编》在浙江卫视播出,该剧取材自蒲松龄的短篇小说集《聊斋志异》。
2016年2月9日,与
鞠觉亮合作执导的古装武侠剧《
新萧十一郎》在北京卫视、广东卫视首播,该剧由
严屹宽、
李依晓、
朱一龙联合主演;7月18日,执导的古装武侠剧《
新边城浪子》在北京卫视周播剧场播出,该剧改编自古龙武侠小说《边城浪子》,讲述了傅红雪为了查清父亲白天羽遭人埋伏意外身亡的真相,所发生的故事;10月8日,执导的古装玄幻剧《
莽荒纪》在新疆开机,该剧由
刘恺威、
王鸥主演
2017年1月3日,执导的古装奇幻剧《
奇星记之鲜衣怒马少年时》在优酷、PPTV聚力首播,该剧由
吴磊、
陈翔、
张予曦联袂主演;同年,执导由
侯明昊、
敖犬、
白鹿联合主演的神话剧《西游记女儿国》;此外,还执导了科幻剧《
逆境游戏》,该剧根据网络同名原创小说改编。
黄祖权擅长执导历史剧和武侠剧,他始终坚持做好每一部剧的原则,兢兢业业的态度让他的作品一直都是高质量的保证,并且始终追求创新,勇于突破自我,向新兴起来的网剧作品发起挑战(网易娱乐评)。在浙版《西游记》中,黄祖权大胆表现出孙悟空的个人感情,塑造出充满喜怒哀乐的齐天大圣形象。不管是萧十一郎还是傅红雪都能被黄祖权打造成为“有故事背景”的主角形象,被赋予人之常情,有缺陷的一面,也有挫折的时候,这样的设定丰富了人物性格,更加引人入胜(新浪娱乐评)。