崇祯十年（1637）
进士。授
宁国府推官，以才调
济南。用荐超擢兖东
佥事，分巡
东昌。山东土寇猖獗，
崇祯帝因
给事中张元始言，令丘祖德及东兖道李恪专任招抚，寇多解散，转任
副使。
崇祯十五年（1642），清军攻打东昌，丘祖德力守孤城，保全百万余人。调官
沂州。其冬用
兵部尚书张国维荐，擢右
佥都御史，
巡抚保定。
崇祯十七年（1644），
李自成攻陷
京师，又攻陷
济宁，遣使招降。丘祖德斩之，谋发兵拒守。
中军梅应元叛乱，率部卒索印，丘祖德准备自刎，士民护卫出境，于是与
巡按余日新南奔，路遇鲁王
朱以海，同过
淮南。
福王时，
御史沈宸荃弹劾丘祖德及
河南总督黄希宪轻弃封疆，诏
削籍提讯，久之获释。而成都亦陷，无家可归，流寓宁国府
宣城。清兵至，
指挥佥事耿昱投降。
金声起兵
绩溪，丘祖德与郑璧（
当涂人，
武举，
史可法、
郑芝龙的部将）、宁国
举人钱文龙、
诸生麻三衡（
布政使麻溶之孙）、沈寿荛（
都督沈有容之子）等各举兵应之，聚众万余人。
明绍宗以丘祖德为
兵部右侍郎，总督江上，负责统领。时郡城已失，丘祖德驻华阳，麻三衡驻稽亭，他蜂起者又十余部，约共攻郡城。不克，沈寿荛
阵殁，丘祖德退还山中。大清兵攻拔其寨，被获，磔死，其子丘萃亦死。