1965年9月30日，印尼发生了震惊世界的“9.30事件”，以总统卫队翁东为首的军官，发动军事政变，捕杀陆军司令等六名将领，但被以苏哈托为首的印尼军人集团镇压。苏哈托集团最终推翻了苏加诺，并要铲除支持他的印尼共产党。对这场突发事变，中国事前一无所知，对印尼局势未立即表态。印尼军人集团却制造谣言，诬蔑中国参与策划和支持该事变，组织群众向中国大使馆游行示威，在全国掀起反华逆流。

1965年9月30日，印尼发生了震惊世界的“9.30事件”，以总统卫队翁东为首的军官，发动军事政变，捕杀陆军司令等六名将领，但被以苏哈托为首的印尼军人集团镇压。苏哈托集团最终推翻了苏加诺，并要铲除支持他的印尼共产党。对这场突发事变，中国事前一无所知，对印尼局势未立即表态。印尼军人集团却制造谣言，诬蔑中国参与策划和支持该事变，组织群众向中国大使馆游行示威，在全国掀起反华逆流。

1965年至1966年初期的排华事件

1965年10月8日，受指使的暴徒在中国驻雅加达总领事馆门前“示威”。有的暴徒把署名“反共运动”的一些反华传单，贴在中国总领事馆的门口，上面写着：“中国是九月三十日运动的导演者，立刻赶走所有的中国人！”“印度尼西亚共产党是中国所武装的，把中国人吊死！”“中国是印度尼西亚共产党的导演者，现在立刻断绝同中国的外交关系。”

10月14日，据路透社报道，一批示威者在中国领事馆外大喊“粉碎中国”进行示威。

10月16日，印度尼西亚武装部队非法闯入中国驻印度尼西亚大使馆商务参赞处，大肆搜查办公室和宿舍，并且对中国外交官员强行人身搜查和侮辱。

10月21日，印尼武装部队士兵又一次侵犯了中国驻印尼大使馆的外交特权，进入中国大使馆人员住所强行检査。

上述事件发生后，苏加诺总统在10月23日召集了全国“五位一体”成员会议，要求停止煽动仇恨中国的行动。10月26日，苏加诺总统向外国记者发表谈话说：“中国同印度尼西亚的关系，仍然是牢固的——虽然有一些分子试图离间中国同印度尼西亚的关系。”

然而，苏加诺总统的呼吁并没遏制住排华运动。在印尼军人集团的煽动下，从1965年10月开始，印尼的反华氛围越来越严重。大规模的针对中国和华侨的反华、排华运动也慢慢开始出现。

10月21日至31日，在松巴哇岛的亚拉史、打理旺和郎埠等地市郊发生了暴徒破坏华侨商店、住宅，抢劫财物，并且殴打、凌辱华侨的事件，有多名华侨在这些事件中受重伤。

10月25、26日，加布棉发生类似事件。

10月底至11月中旬，中爪哇华侨有40余人遭当地军警逮捕。

11月5日，在安汶市内，有暴徒三四千人在装甲车的掩护下高喊着反华口号，对当地的中华总会发起了攻击，他们烧毁了中华总会里的毛泽东挂像。接下来，他们将目标转向了华校中小学以及教员宿舍。随后，逐户破坏华侨商店、住宅，捣毁货物和生活用品。

11月10日，望加锡地区发生反华示威，根据中国大使馆给印尼外交部的照会，超过2000个侨人家庭的商店或住宅受到了不同程度的破坏，其中有近1000户人家徒四壁。

11月13日至26日，在中爪哇的梭罗、日惹等地又有十余名华侨被当地军警关押。

11月14日，在南苏拉威西的万泰营的华侨，又受到严重的迫害。

11月22日，中爪哇梭罗市，一批陆军伞兵战斗团的土兵对市内华侨商店、住宅进行了破坏、捣毁和焚烧。到了11月27日，全市90%华侨遭受了极其严重的损失，不少人倾家荡产、无家可归。

11月初至12月10日，在巴厘岛各地洗劫残杀华侨。

12月10日，棉兰又发生了反华暴动。根据科佩尔的估计，有将近200名华侨在这场暴乱中丧生。 12月18日中国大使馆对印尼外交部的照会，则称“有数以百计的重伤者要送入医院治疗……据不完全的统计，因遭破坏而倾家荡产的有数百户。当晚，由于住房被破坏，生命受到威胁，暂时被集中收容的即有一千多人。“

12月底，龙目岛华侨惨遭印尼右派蹂躏和屠杀。据不完全的统计，仅12月30日，被杀死的华侨即达二十余人之多。此外，有数十名华侨被殴受伤，另有多名华侨妇女失踪。有的华侨妇女竟被劫去霸占，强迫为妾，遭受奴役折磨。

1966年后排华运动的升级

1966年3月11日政权移交后，印尼的排华运动进入到了一个新的阶段，对于华侨的攻击开始变得更有系统性，地方军事当局和军警更加直接地参与到排华运动当中来，从制度和政令层面对华侨的驱逐、排挤也逐渐出现。除此之外，对华侨经济的掠夺也在这个阶段逐渐显露出来。

对中国外交机构的攻击

1966年3月18日，在望加锡聚集了万人的示威队伍，要求将所有的中国外交人员和新闻工作者都驱逐出印尼，一小股示威人士冲进了领事馆并造成了损失。

1966年4月15日，武装部队伙同暴徒袭击使馆打伤外交官员（5名），并破坏使馆财物。

1966年4月20日，右翼组织成员在武装部队的协助下破坏、抢占中国使馆商务参赞处。

1966年4月21日，暴徒30余人在武装军人的带领下，占领中国总领事馆宿舍；另有50人占领了中国大使馆宿舍。占领一直延续到4月25日。

1967年1月25日下午，印尼第五军区派武装军人强占中国大使馆宿舍，声称将其置于地方当局管制之下。

1967年10月1日，印尼政府又一次出动大批军警和一千多名暴徒，武装袭击中国驻印尼大使馆，打伤中国临时代办和大使馆人员。这是两年以来的第43次武装袭击，是国际外交史上少有的法西斯暴行。

此后，印尼政府来照宣布关闭其驻华大使馆，撤走全部人员；同时无理要求中国政府在30日以前关闭驻印尼大使馆、驻雅加达总领事馆和驻棉兰等地领事馆，撤回使领馆全部人员。1967年10月30日，中国与印尼正式断绝外交关系。

对华侨社团及华侨学校的攻击

对华侨社团的攻击主要分为两个方面，一个是对社团建筑和财物的侵占，另一个则是对其领导人和负责人的攻击。前者发生的时间集中于1966年3月至7月。根据中国大使馆1966年4月12日给印尼外交部的照会中，印尼各地共计了数十个华侨社团被非法侵占。

后者持续的时间较长，一直到1967年这类事件仍有发生。 1966年4月20日，司马委在对当地华人进行虐待后，关押了400名男性华人，至24日才释放。4月23日，泗水市的右翼组织在军队协助下接管当地华侨社团的过程中，杀害了几名华侨社团的领导人。6月7日，67岁的冷沙中华总会主席张赞成遭到绑架，受到几天的折磨后才被放出。1967年4月8日，印尼警方传讯和扣押雅加达中华侨团总会理事、山东公会主席宁样雨老人。他在监狱中遭到严刑拷打，于4月13日死亡。

对华侨学校的攻击在政权移交前就已经常出现，根据印尼文化教育部对外关系署的1966年4月公布的统计，1965-1966学年关闭了629所华侨学校，涉及华侨学生为272782人，外籍华文教师6478人。

从1966年5月开始，许多地方当局都下令关闭华侨学校。到1967年印尼政府颁布第37号令第七条规定，除外国使节为其家庭成员所办的学校外，概不得有外国学校后，印尼各地已确定没有一所华侨学校。结合印尼官方的统计数字来看，从1965-1967年关闭的华侨学校应当有700所左右，因此失学的学生人数可能超过30万人，因此失业的教职工近万人。

除了关闭学校外，印尼各地军警还会传讯和驱逐华侨学校校长。借此来达到破坏华侨教育和掠夺华侨财产的目的。

对华侨商店及住宅的攻击

对华侨商店的攻击，贯穿了1965年10月至1967年的整场排华运动。而且，随着时间的推移，其激烈程度逐渐加深。侵占华侨财产的性质也越发明显。尤其是从1966年底开始，地方的军事当局往往直接参与对华侨财产的掠夺。并慢慢从直接攻击华侨商店发展到从制度层面开始掠夺华侨财产。例如，1966年11月中旬，廖内省的军事当局下令将所有的华侨财产进行登记，不许华侨出卖和转让财产，还组织了监督支那人小组对华侨进行迫害。

除了制度层面的掠夺，直接对华侨商店进行暴力攻击的事件直到1967年6月还有发生。在1967年6月22日，东爪哇海漳军事当局就派出武装军警包围该市多间华侨商店，有8家华侨商店遭到抢劫。

除了华侨商店外，排华运动中受到侵占的华侨财产还有工厂和商业区。例如在1966年4月12日，万隆的右翼组织接管了全市的华侨纺织厂并交给当局。

对华人华侨生命安全的侵害

从中国方面照会的抗议以及媒体的报导可以发现，在1966年3月至1967年7月死亡的华侨人数是1966年3月前死亡人数的十多倍。这两个阶段死亡人数的差距远大于时间长度的差距。这也说明了在1966年3月11日政权移交后，印尼各地华侨在生命安全上受到的伤害更加严重。

对于在1965年到1967年间的排华运动中被杀害的华人华侨人数，存在着多种见解。但是由于知情人士的去世，档案也被销毁，至今没有确定的结论。

1966年的《远东经济评论》和美国《生活》杂志，在报导中称有数十万的华人在这次运动中被杀。 著名华侨华人研究专家周南京则在《战后东南亚排华运动探索》一文中，指出“在此期间华侨、华人的伤亡数字，众说纷纭，从不超过两千人到2万人不等”。黄昆章在《印尼华侨华人史》中则提到，“1965年至1967年的排华，一般认为被害的华侨华人约有2000人。”

在1966年3月11日苏哈托夺权后，随着印尼国内政治局势的变化和排华运动的升级，华侨生存环境也开始急剧恶化。中国政府开始积极组织接侨工作。

1966年4月12日，中华人民共和国外交部照会印度尼西亚驻华大使馆，要求印尼政府立即安排船只，将自愿回国的华侨送回中国。仅过了4日，中国大使馆又在照会中警告印尼外交部，两国的关系将要完全破裂，提出中国政府即使断交也要保护侨民。

1966年5月5日，印尼方回复称同意华侨自愿回国，但不会负责船只将他们遣返。

在要求印尼派船遣送华侨未果后，中国大使馆于1966年5月18日照会印尼外交部，决定由中国自主派船接回自愿归国华侨。

然而，直到9月2日，印尼政府才在照会中同意了中国政府派船到棉兰和万达亚齐接运自愿回国华侨的要求。此后，中国政府派“光华轮”先后四次前往印尼接侨。

1966年9月14日，“光华轮”从广州黄埔港新码头启航，正式前往棉兰接侨。

1966年9月26日，光华轮进入勿拉湾港。但由于印尼政府在这次接侨工作中设置了新的重重障碍，光华轮不得不在港内滞留了8天之久。10月3日下午，光华轮载着1006名受害华侨，从印度尼西亚棉兰的勿拉湾港启航回国。

10月10日，“光华轮”回到湛江港，成功完成了接侨任务。这批归难侨在湛江受到良好的接待和欢迎后，于19日、21日分批到达广东阳春华侨林场，得到安置。

10月30日，“光华轮”再次启航接侨。

11月20日，”光华轮“载着1076名来自亚齐10多个地方的华侨启航归国。

11月28日，“光华轮”抵达湛江港，归难侨们受到了热烈的欢迎和妥善的接待与医疗。

12月10日，第二批归难侨离开湛江前往福建宁化。12月13日，福建省和三明市人民在泉上华侨农场为他们举行了盛大的欢迎会，归难侨们正式在农场落户。

1967年1月19日，“光华轮”抵达棉兰勿拉湾港口开始第三次接侨工作。

1月29日，“光华轮”载着第三批归难侨1071人离开勿拉湾港口回国，他们同样来自亚齐的十多个地区，其中半数来自冷沙、班达亚齐和司马委。

2月5日上午，第三批归难侨乘坐“光华轮”抵达湛江港。

在湛江经过短暂的休息后，这些华侨于2月19日和20日，分批到达福建省宁德县东湖塘华侨农场安家落户。

1967年5月6日，1099名第四批回国华侨乘“光华轮”从印尼棉兰返航。

5月13日，第四批归难侨抵达广州黄埔港，受到数千人欢迎。他们在黄埔港稍事休息后，即乘火车前往佛山的临时住地。随后，他们当中大部分人被安置在广东英德华侨农场。