孙士毅（1720年－1796年），字智治，一字补山，仁和县临平（今浙江省杭州市余杭区）人。清朝大臣。

孙士毅是乾隆二十六年（1761年）进士，以知县的身份归班等待授官。乾隆二十七年（1762年），乾隆帝南巡，特召孙士毅入前参加考试，被授为内阁中书，充任军机章京，不久迁移为侍读。

乾隆三十四年（1769年），大学士傅恒督师征讨缅甸，以孙士毅掌管章奏。战后叙功，孙士毅被授为户部郎中，又被提拔为大理寺少卿。出为广西布政使。不久又被提拔为云南巡抚。乾隆四十五年（1780年），云贵总督李侍尧因为贪赃被罢官，孙士毅因为没有事先弹劾李侍尧而被牵扯，因此被罢职，被发往伊犁，抄录家产，变得不名一钱。之后乾隆帝嘉奖他为官清廉，命他纂校《四库全书》，被授为翰林院编修。《四库全书》修成之后，孙士毅被提拔为太常寺少卿。

之后孙士毅复出为山东布政使，又被提拔为广西巡抚，不久迁移到广东。初到广东，孙士毅就上疏说：“广东一省海洋交错，容易藏纳匪徒。自身惟有洁以持身，严格约束下级，不敢因循讳饰，才能做好地方官。”乾隆帝下谕他一定要效仿广东巡抚李湖的风格，李湖因为雷厉风行被上级所赏识。

不久孙士毅署理两广总督。陕甘总督福康安向清廷建议练兵，乾隆帝下诏云、贵、四川、两广、福建诸行省仿行。孙士毅上疏奏请广东练水陆兵二万八千五百三十二人，广西练兵一万一千二百九十六人，选人材精壮、技艺娴熟的进行训练，责令各地督、抚、提、镇实心训练；并严立科条，以革除多年的积习。乾隆帝下诏说：“这些事可以慢慢地实行，但是一定要做好。”不久仍回巡抚任上。

广东的民风剽悍，有很多未缴的赋税，州县吏有的向上级奏报，有的以自己的私财应付，但是该地民众也大多抗税不缴。孙士毅详细地清查之后，派遣干吏到欠税最多的州县，根据各地的账册进行清查。以自己私财垫付的官员，以清查所得的银子补偿。乾隆帝嘉奖他的才能。茭塘是群盗所聚的地方，他们抗拒官兵并且伤害官员。孙士毅擒拿了叛军的首领，杀了之后巡示当地。乾隆帝再次嘉奖他的功劳，赐给他顶戴花翎。两广总督富勒浑纵容他的仆人贪污受贿，事泄之后孙士毅按律处置，富勒浑受牵连被罢官。乾隆帝因为孙士毅为人持正，将其授为两广总督。富勒浑上疏讨论广东的鹾政，请求增加运艘，按季征收税银，恢复三十九个商埠。孙士毅到任之后，上疏说：“增加当地运艘，应当取消封印的弊端，制定长久的规矩，使新旧船只都得到满足；按季征收税银，应当恢复以前的成例，岁末进行上奏；三十九埠的运商因为欠税被罢免，中铅山、南康、上犹、英德四埠应当先行恢复，清查亏欠的税银应当先自三十九埠开始。”他的这些建议朝廷同意后实行。

乾隆五十二年（1787年），台湾林爽文发动起义，孙士毅亲自到达潮州进行戒备。大军出发之后，孙士毅遣兵助剿，牛马饲料、器械孙士毅立马办理，清廷加封其太子太保，赐双眼花翎、一等轻车都尉世职。

乾隆五十三年（1788年），台湾平定之后，孙士毅图像被挂于紫光阁。适逢安南国王黎维祁被臣子阮惠所逐，他的妻子、母亲、王子及宗族二百余人在大臣阮辉宿、黎炯的保护下，由高平府登舟，逃至广西太平府龙州斗奥隘对河求救，并冒死涉水登北岸。孙士毅知道之后，督兵前往龙州以防卫镇南关，乾隆帝嘉奖他知轻重、识大体，命他带兵自广西进入安南，并且派遣云南提督乌大经自蒙自挺进安南。

阮惠知道后派兵到寿昌江抵御清军，又分兵屯驻在嘉观。孙士毅率领大军到达之后，击破了阮惠派遣的军队，清军成功渡过寿昌江，然后进至市球江，阮惠措手不及。孙士毅下令表面上在市球江下游架设浮桥，假装要渡江的样子；实则秘密派遣总兵张朝龙自上游渡江，进攻安南军队的后方，安南军队大乱。孙士毅率军乘筏渡过大江，安南军队慌乱而走。孙士毅率军进击，许多安南士兵掉进江里淹死。清军游击张纯等也击败了阮惠在嘉观的驻军，副将庆成等设伏擒住了阮惠的部将。清军再进至富良江，江的南岸就是黎城，阮惠下令将所有的战舰收集起来停在南岸拒守。孙士毅的士兵用木筏渡江，令提督许世亨率领二百人在夜里过江，夺取了阮惠的数十艘小舟，清军轮流渡过了江。到了黎明，有两千多清军渡过了江。阮惠的军队乘船慌忙逃走，张纯率军追上，焚烧了他的船只并歼灭了所部安南军队，趁机攻入了黎城，阮惠败走富春。黎维祁到了军中，孙士毅奉乾隆帝的旨意封其为安南国王。清廷听闻捷报后封孙士毅为一等谋勇公，赐红宝石顶。孙士毅请辞，朝廷不许。命孙士毅班师，孙士毅犹豫再三，没有立即开拔。

乾隆五十四年（1789年），阮惠又率领他的部众攻打黎城，黎维祁再次带着家眷逃走了。孙士毅已经率军北上，渡过了市球江，驻扎在江北。阮惠的军队追上之后，清军总兵李化龙殿后，过浮桥的时候，堕水而死；浮桥被截断，提督许世亨等都战死。孙士毅回军进入镇南关，黎维祁与他的妻儿到了，将他们安置在南宁。乾隆帝以为孙士毅不遵诏班师，才造成了这次变乱，于是罢免了他的爵位，并撤回了所赐红宝石顶、双眼花翎，解除总督任，让福康安代替他。适逢阮惠追击清军到了富良江，孙士毅想要再次渡江与之决战，许世亨力谏，说是会有损大国臣子的脸面，让千总薛忠挽着他的缰绳退军。于是他上疏自劾，清廷令他仍然驻在镇南关任事。不久阮惠遣使来朝请求内附，福康安到了之后，与孙士毅严斥阮惠使臣。但是孙士毅也认为黎维祁不堪扶植，不如册封阮惠为安南国王，乾隆帝认为可行。不久召孙士毅回到京师，授他为兵部尚书，充任军机大臣，入直南书房。同年冬，命他署理四川总督，过了一年，免除了总督之职。不久，两江总督书麟因为高邮书吏用假印冒收税银被治罪，清廷以孙士毅代替他，让他在江南认真办差。

乾隆五十六年（1791年），清廷下诏授孙士毅为吏部尚书、协办大学士。廓尔喀侵略西藏，清廷命孙士毅署理四川总督，负责监督大军的饷银。孙士毅自打箭炉而出，驻扎在察木多。清军进入后藏，他又亲自到达前藏，监督饷银的运输状况。因为他办事得力，清廷再次赏赐双眼花翎。

乾隆五十七年（1792年），廓尔喀平定之后，孙士毅的图像再次被挂于紫光阁。不久清廷授他为文渊阁大学士，兼礼部尚书。他又与福康安、和琳驻扎在前藏商议善后事宜。福康安率金川土司入觐乾隆帝，命孙士毅再署理四川总督。福康安不久迁移为云贵总督，和琳代替了福康安。乾隆帝令孙士毅留在四川打理清军征讨廓尔喀之役的军需奏销，孙士毅上奏将福康安、和琳留任，乾隆帝不许。

乾隆六十年（1795年），湖南的苗匪为乱，进入四川秀山境内，孙士毅率兵驻守当地击贼。嘉庆元年（1796年），湖北的白莲教匪为乱，进入四川酉阳境内。孙士毅又移军来凤剿贼，屡战屡胜，因功被封三等男。

白莲教匪被击败后驻扎在茶园溪，大雨下了半月有余，探查之后得知叛匪无备。于是孙士毅在夜里派兵袭击叛匪，清军手持短兵器与叛匪厮杀，清军千总张超执长矛率先攻克叛匪堡垒，斩杀了叛匪的头目，追杀了四十余里。叛匪退据旗鼓寨，孙士毅率军前去追杀。嘉庆元年（1796年）六月，孙士毅卒于军中，清廷赠公爵，追谥文靖。

孙士毅一生战绩卓著。乾隆五十二年（1787年），孙士毅设防潮州，防阻台湾林爽文起义军进入广东。乾隆五十三年（1788年）率军平定安南阮惠之变，出谋定策，指挥得当。孙士毅统兵出关，一路势如破竹，各守隘军队望风奔遁。后封一等谋勇公，授兵部尚书，立军机大臣。乾隆五十六年（1791年）摄四川总督，保证了平定西藏廓尔喀之乱的粮饷供应。后又率军镇压苗民起义和白莲教起义。

孙士毅任两广总督时，回京述职，遇到和珅勒索而断然拒绝。总督被称为“封疆大吏”，掌管省级的行政和军事。地方上的大臣进京的时候，一般都会携带一些珍稀之物，作为贡品进献给皇上。孙士毅前往金銮殿面君，在宫门之外偶遇时任吏部尚书的和珅，和珅看到他手中拿着个东西，就向他要来一看，原来是一个用珠子做成的鼻烟壶，大如雀卵，雕刻精巧，晶莹剔透。和珅一见，便爱不释手，口中连连称赞，把玩了一会，就对孙士毅说：“孙大人如果不嫌弃在下的话，能否把这个玩意送给在下呀？”孙士毅见和珅竟然当面索要，不知如何是好，只得如实说道：“此物原为进献皇上，而且下官已经向皇上奏明了，和大人喜爱，本当赠给和大人，不过下官不好向皇上交代了，望和大人见谅。”和珅没想到孙士毅竟然拒绝了他，觉得很没面子，只好掩饰说：“我只不过是一句玩笑罢了。”

过了几天，和珅突然来到孙士毅那里说：“巧了，我也弄了个鼻烟壶，但是不知道好不好，你帮我看看。”孙士毅一看，大吃一惊：这正是自己送给皇上的！孙士毅是个细心的人，他悄悄查阅了皇上的赏赐登记簿，近期并无任何赏赐记录。时间久了，孙士毅懂了，和珅可以随意出入宫廷任何一个禁区，如同在自家一样。

乾隆四十八年（1783年），身为广西巡抚的孙士毅上奏，当年广西乡试取得第一名的岑照，是土知州岑宜栋之子，其家庭财产丰厚，一向没有学识方面的名气。检查岑照岁考及录遗卷，与三场墨卷核对，文理相去悬殊。这次中举的试卷，断非本人所作，必有传递代倩夹带等舞弊行为。（“代倩”指代替考试）经检查岑照平日文理，与闱中试作悬殊，其为舞弊幸中，立即将岑照革去举人。科场大典，抡取真才，对舞弊行为要彻底根究。在发现两广总督富勒浑纵恿其仆人收受贿赂后，身为巡抚的孙士毅毅然进行查处，上报朝廷后，富勒浑因犯罪而被贬谪。乾隆帝因孙士毅持正，即升为两广总督。通判叶文麟在通州任知府，巡抚闵公憎恨其刚直，借驿站传递的事件，唆使司道弹劾其迟误公文，把他革职，叶文麟含冤忍耐多年，待孙士毅到任，方投牒申诉。孙士毅不动声色，立发五百里马递，取某年月日驿站号薄，送辕呈验，遂无俟发讯而叶文麟冤案得到昭雪，得复原官。

孙士毅一生战功卓著，先随大学士傅忠勇王师征缅甸，后平台湾林爽文反，又讨阀安南国阮惠谋反，西藏廓尔喀用兵督粮，打击黔楚苗叛、湖南白莲教反等。但孙士毅“能不自恃，贵不自矜”。老成端谨，练达有为。丹赤一心，为国效力。

《清史稿·卷三百三十·列传一百十七》

2002年电视剧《梦断紫禁城》：洪宗义饰孙士毅。