613年(大业九年),
兵部尚书斛斯政逃奔
高句丽。高士廉因与
斛斯政有交往,受到牵连,出贬为朱鸢县主簿。事母至孝,因岭南地区
瘴疠严重,不能带母亲同行,便将妻子
鲜于氏留下,代自己奉养母亲。他又想到妹妹没有着落,就卖掉大住宅,买了小住宅安顿妹妹,并把剩下的钱分给母亲和妹妹,自己轻装上路。
当时,天下大乱,朝廷诏令难以到达岭南,
交趾太守
丘和便委任高士廉为司法书佐。武德元年(618年),钦州俚帅
宁长真率军进攻交趾。丘和打算开城投降,高士廉劝道:“宁长真兵马虽多,但孤军深入,肯定坚持不了多久。再说城中兵力足以抵御敌军,为什么要投降他呢?”
丘和于是任命他为
行军司马,让他迎击宁长真。宁长真大败,只身逃脱,军队全部投降。
武德五年(622年),高士廉与
丘和奉表归唐,被任命为雍州
治中。当时,李世民正担任
雍州牧,因高士廉是自己妻子的舅舅,而且素有声望,对他非常器重。
武德九年(626年),
李世民与隐太子李建成矛盾加剧,高士廉与
长孙无忌、
侯君集等人日夜劝谏李世民,欲诛杀李建成与齐王
李元吉。后来,高士廉释放在押囚犯,发给他们武器,并与他们赶到
芳林门,配合李世民发动
玄武门之变。
李世民被立为太子后,任命高士廉为太子
右庶子。
高士廉还在秦时
李冰疏浚的汶江之外,又挖掘一条新渠,让蜀地百姓大获其利。此外,他又用空闲时间组织诗文辞赋之会,还让儒生研讨儒家经典,勉励青年学生,以致蜀中学风渐浓。
当时,山东士族性好矜夸,虽已没落,仍依仗祖辈地位,嫁女之时多要聘礼。唐太宗认为此事有伤教化,遂命高士廉与
御史大夫韦挺、
中书侍郎岑文本、礼部侍郎
令狐德棻等人刊正姓氏,编撰《
氏族志》一百卷。《
氏族志》编修完成后,高士廉被加封为
同中书门下三品。
647年(贞观二十一年)正月,高士廉病逝,终年七十二岁。追赠
司徒、并州都督,谥号文献,陪葬于
昭陵。
李世民:①高士廉涉猎古今,心术明达,临难不改节,当官无朋党;所乏者骨鲠规谏耳。②德范宏深,风猷远著,道高廊庙,望重勋贤。职在铨衡,穆九流而驰誉;位居端右,总百揆而腾芳。班职台仪,具瞻允集,忠谋令范,遇物必彰。造膝危词,类多宏益,瞻风力以齐轨,轶
伊吕而长骛。
刘昫:“高士廉才望素高,操秉无玷,保君臣终始之义,为子孙袭继之谋。社稷之臣,功亦隆矣;奖遇之恩,赏亦厚矣。”
高士廉去世后,唐太宗欲到高府哭灵。
房玄龄极力劝谏,太宗道:“高公与我并非只有君臣关系,还有故旧、姻亲的关系,岂能听说他的噩耗而不去哭灵呢?你不必多说!”说完带领身边的人从
兴安门出宫。长孙无忌正在高府灵堂,听说太宗要来,出门拦住
御马,劝谏道:“陛下正在服用丹药,不能哭丧,为什么不为宗庙社稷考虑而自珍自重呢!而且舅舅临终遗言,不愿因自己的死,而让陛下屈驾前来。”太宗不听。长孙无忌跪在道中,流着眼泪执意谏阻,太宗这才返回东苑,望南痛哭。