康熙十二年(1673)冬,
吴三桂反,康熙帝命安西将军赫叶、副将军瑚哩布,由陕西入四川进讨,以穆占署前锋统领,参赞军务。
康熙十三年(1674)二月,师至陕西,
四川巡抚罗森、四川
提督郑蛟麟已经叛乱响应吴三桂,
总兵谭弘也叛据
阳平关。穆占与
西安将军瓦尔喀率兵先驱,战野狐岭,败之,克阳平关及
七盘关。又败伪总兵石存礼于
朝天关,阵擒伪
游击王道成。六月,总兵
吴之茂叛据
保宁(今四川
阆中),穆占进与战,屡击败之。十月,以贼阻饷道于槐树驿及郿岭,又劫走粮船于
略阳,穆占因粮草不济而退回
汉中。提督
王辅臣叛于
宁羌,据
秦州、
平凉,与吴之茂、谭弘相呼应。穆占从大将军、贝勒洞鄂还西安。
康熙十四年(1675),洞鄂讨伐辅臣,以穆占代替赫叶为安西将军,率师并进。王辅臣部将
高鼎率军四千人屯
陇州河岸,迎战,与达理善击却之。直取秦州,围合,王辅臣部将陈万策以城降。穆占复助提督
张勇攻下
巩昌,还会诸军征平凉。
康熙十五年(1676)二月,康熙帝遣抚远大将军
图海代洞鄂为大将军。六月,王辅臣降,穆占分剿余贼于
西和、清水、
成县、
礼县,收复城邑,伪总兵周养民、王好问等以
庆阳府降。九月,诏入觐,进秩视都统,佩征南将军印,统陕西、河南诸军赴
湖广,讨吴三桂,诸将
塔勒岱、
鄂克逊从之。
康熙十六年(1677)正月,至
荆州。大将军、顺承郡王
勒克德浑守荆州,贝勒尚善围
岳州,安亲王
岳乐围
长沙,简亲王
喇布守
吉安。康熙帝命穆占助攻长沙,军至,屯阿弥岭。吴三桂初欲自
松滋渡江,进攻荆州,相持数年不得逞。闻长沙有新军至,亟自松滋还援,屯隔江
岳麓山。遣其将马宝等屯城外,掘重壕,布铁蒺藜,列象阵以守;而自从常德进,为穆占所败,走衡州。七月,康熙帝命穆占移兵汇合简亲王取
衡州、
永州。穆占移兵
袁州,击退掠劫江西的敌军。十月,克
茶陵,阵斩四千余级,生擒百余人,收复
攸县、
安仁、
酃县、永宁诸县。
康熙十七年(1678)闰三月,克
郴州、
桂阳,招降
桂东、
兴宁、
宜章、
临武、
蓝山、
嘉禾、
永兴。穆占守郴州,以都统宜理布守永兴。吴三桂欲通粤东道,与
尚之信、
孙延龄军合,遣其将马宝、
胡国柱等悉锐攻永兴。穆占遣护军统领
哈克三、前锋统领
硕岱来援。简亲王
喇布尚驻
吉安,穆占请旨趣进征。六月,宜理布、
哈克三战死。
硕岱入城守,喇布遣萨克察来援,牒穆占请益兵。穆占谓永兴军事简亲王主之。喇布以闻,上责穆占
谬戾。马宝、胡国柱攻永兴,二十余日不下,闻吴三桂死,乃引还衡州。穆占率
布舒库等追击,败之
耒阳。
康熙十八年(1679),吴三桂部将
吴国贵为他将所戚,遁永州,穆占追剿,克之,道州、常宁、新田、永明、江华、东安皆下。师入广西境,克
全州、
灌阳、
兴安、
恭城。诏还定湖南,进克新宁。吴三桂部将
郭壮图等拥吴三桂孙
吴世璠据贵州。十一月,上命贝子
彰泰为定远平寇大将军,规定云贵,穆占参赞军务。
康熙二十年(1681)正月,吴世璠部将
夏国相、高起隆、王会、王永清、张足法、杨应选等拥众二万拒战,屯
平远西南山。穆占与提督
赵赖督诸军奋击,高起隆等败窜,王会降,遂复平远。分遣诸将
莽奕禄等逐贼,复大定,杨应选亦降。遂入云南,与广西军会,壁归化寺。壮图出兵重关,列象阵犯我军。
赉塔等纵兵夹击,穆占战尤力,象阵乱,反践其军。诸军乘之,壮图敛兵,止存二十七人,奔入城。九月,四川军至,总督
蔡毓荣破重关,穆占亦夺玉皇阁,猛攻东西寺。吴世璠、郭壮图皆自杀,线域等出降。彰泰令穆占同都统
马齐入城,籍贼党,属擒伪大学士
方光琛等,磔于军门,云南平。师还,授正黄旗蒙古
都统、
议政大臣。
康熙二十二年(1683),追论征保宁时奏军事不实,征平凉时不临阵指挥,及在郴州推诿、不救永兴,罪当绞,籍没。康熙帝谕曰:“穆占固有罪,但其战绩多至二百六十处,此所议稍过。”命覆议,乃请夺官、削世职、没妻子入
内务府,上命但夺官,余悉宽之。寻卒。
《
清史稿》:当三藩乱时,命将四出,以庶姓授大将军,惟
图海与
赉塔二人而已。赉塔自广西,穆占自湖南,皆转战下云南,削平巨憝,功最多。穆占功归彰泰,故赏不逮;赉塔、
莽依图功与相并,惜中道先卒。
佛尼埒等皆夙将,有战绩。其时杂号将军,或出朝命,或即军前除拜。有一人递掌二三印者,有一印迭授二三人者,皆领异军独当一路。综而观之,当日行师应敌之大概,可以得其要矣。