西晋王朝灭亡后，公元317年，镇守建康（今江苏省南京市）的司马睿在江南重建晋室，史称东晋；“十六国”史称源出于北魏崔鸿所撰的《十六国春秋》：“五凉、四燕、三秦、二赵，并成、夏为十六”，从公元304年巴氐族李雄建立成汉和匈奴贵族刘渊建立汉国，316年灭掉西晋，到439年鲜卑拓跋部统一北方，这100多年里，北方各民族相互争战，先后建立了前赵（匈奴）、后赵（羯）、前燕（鲜卑）、前凉（汉）、前秦（氐）、后秦（羌）、后燕（鲜卑）、西秦（鲜卑）、后凉（氐）、南凉（鲜卑）、西凉（汉）、北凉（卢水胡）、南燕（鲜卑）、北燕（汉）、夏（匈奴）、成汉（巴氐）等政权，总称十六国。

公元46年后，东汉朝廷常以招引或强制的方式，将边疆的北方各族内迁，以便监控各族或是增加兵源和劳动力。到了西晋时，中国北部、东部和西部，尤其是并州和关中一带，大量胡族与汉族杂住。史书记载“西北诸郡皆为戎居”，关中百万余口“戎狄居半”，对晋帝国呈现半包围形势。除了辽河流域的鲜卑和青海、甘肃的氐、羌外，大都由原住地迁来。

270年晋武帝时，河西鲜卑秃发树机能与匈奴刘猛率众内侵，直至九年后始平。

294年晋惠帝时，匈奴郝散叛乱，不久平定。两年后其弟刘度元以齐万年为首，联合西北马兰羌、卢水胡举兵，晋将周处阵亡，此事至299年方平。而后郭钦与江统相继建议强制迁离胡族，江统更著有《徙戎论》，但晋室不予采纳。当朝廷元气大伤后，周边胡族便趁机举兵。

八王之乱的爆发，使晋廷失去在地方的影响力，胡族陆续叛变。晋惠帝时，益州内乱，巴氐势力扩大。之后益州刺史罗尚击杀巴氐领袖李特。

304年成汉与汉赵的建立，开启了“五胡十六国时期”。

304年，李特子李雄继立后击败罗尚并称成都王，又于306年称帝，国号“大成”，338年改国号为“汉”，史称成汉。匈奴刘渊统领五部匈奴，成都王司马颖结其为外援。[晋惠帝大安（太安）二年（303年），部下推特（李特）为大将军，大赦，改元为建初元年。，故也有人认为以改元为成汉建国开始，成汉建立于303年。]

304年司马颖遭王浚围攻，遣刘渊回并州发兵支援。他乘机宣布独立，称汉王，自称继承汉朝正统。308年刘渊称帝并迁都至平阳，国号“汉”，后称汉赵。

东晋政权（公元317年－公元420年）维持了长期的偏安统治，到公元420年被刘裕所建立的宋所取代，共享国103年，历4代11帝。

东晋是门阀政治发展的鼎盛时期，皇权衰落。司马睿称帝有赖于南方官僚士族的拥戴，东晋政权建立之初，先后平息了王敦和苏峻之乱，统治趋于稳定。门阀大族王、谢、庾、桓先后支配着王朝政局。

南来士族祖逖曾率军北伐，一度收复黄河流域。在此之后，当权的士族多标榜北伐以增加门户威望，其中以桓温的三次北伐最为著名。他曾经收复洛阳，进入关中，进兵河北，但都未能够巩固北伐成果。

公元383年，前秦南下，东晋面临空前威胁，在宰相谢安的运筹下，谢石、谢玄率北府兵大败前秦军队，取得了淝水之战的决定性胜利。此后，南方由于外乱威胁解除而爆发内战，孙恩、卢循起兵。桓玄在内战中获胜，一度篡晋。北府兵将领刘裕起兵镇压了农民军，并通过北伐树立威望，最终取代东晋。

东晋统治者不以恢复中原为意，门阀大族致力于南方的庄园经营。北方大族及大量汉族人口迁徙江南，给南方带来了先进的生产技术。南下的北方农民和土著农民辛勤劳动，开辟南方广大的山泽荒野，促进了江南的开发，使中国经济重心开始由黄河流域向长江流域转移。

与此同时，中国北方陷入分裂混战，中国西晋后期之前的中原人总体是汉民族，而西晋后期北方少数民族大量南迁中原，并建立数十个政权，历史称为东晋十六国的时期。

黄河流域成为匈奴、羯、鲜卑、氐、羌等「五胡」族军阀争杀的战场，各个「胡」族首领纷纷建立政权，和东晋汉族政权长期对峙，史称五胡十六国。

在十六国时期，除十六国之外，还有汉人冉闵建立的魏、丁灵翟氏建立的魏、武都氐帅杨氏建立的仇池国、鲜卑慕容氏建立的西燕、鲜卑拓跋氏建立的代五个政权，总计先后建立了21个政权。上述政权中，后赵、前燕、前秦都曾占据过北方的大部分疆域，尤其是前秦曾基本上统一了北方，不过时间都很短，在百余年时间，北方战乱基本上没有停息。

十六国之《晋书·载记序》记述如下

古者帝王，乃生奇类、淳维，伯禹之苗裔，岂异类哉？反首衣皮，餐膻饮湩，而震惊中域，其来自远。天未悔祸，种落弥繁。其风俗险诐，性灵驰突，前史载之，亦以详备。轩帝患其干纪，所以徂征；武王窜以荒服，同乎禽兽。而于露寒之野，候月觇风，睹隙扬埃，乘间骋暴边城不得缓带，百姓靡有室家。孔子曰：“微管仲，吾其被发左衽矣。”此言能教训卒伍，整齐车甲，边埸既伏，境内以安。然则燕筑造阳之郊，秦堑临洮之险，登天山，绝地脉，苞玄菟，款黄河，所以防夷狄之乱中华，其备豫如此。

汉宣帝初纳呼韩，居之亭鄣，委以候望，始宽戎狄。光武亦以南庭数万徙入西河，后亦转至五原，连延七郡。董卓之乱，则汾晋之郊萧然矣。郭钦腾笺于武帝，江统献策于惠皇，皆以为魏处戎夷，绣居都鄙，请移沙塞之表，定一殷周之服。统则忧诸并部，钦则虑在盟津。言犹自口，元海已至。语曰“失以豪厘”，晋卿大夫之辱也。聪之誓兵，东兼齐地；曜之驰旆，西逾陇山，覆没两京，蒸徒百万。天子陵江御物，分据地险，回首中原，力不能救，划长淮以北，大抵弃之。胡人利我艰虞，分镳起乱；晋臣或阻兵遐远，接武效尤。

大凡刘元海以惠帝永兴元年据离石称汉。后九年，石勒据襄国称赵。张氏先据河西，是岁，自石勒后三十六年也，重华自称凉王。后一年，冉闵据邺称魏。后一年，苻健据长安称秦。慕容氏先据辽东称燕，是岁，自苻健后一年也，俊始僭号。后三十一年，后燕慕容垂据邺。后二年，西燕慕容冲据阿房。是岁也，乞伏国仁据桴罕称秦。后一年，慕容永据上党。是岁也，吕光据姑臧称凉。后十二年，慕容德据滑台称南燕。是岁也，秃发乌孤据廉川称南凉，段业据张掖称北凉。后三年，李玄盛据敦煌称西凉。后一年，沮渠蒙逊杀段业，自称凉。后四年，谯纵据蜀称成都王。后二年，赫连勃勃据朔方称大夏。后二年，冯跋杀离班，据和龙称北燕。提封天下，十丧其八，莫不龙旌帝服，建社开祊，华夷咸暨，人物斯在。或篡通都之乡，或拥数州之地，雄图内卷，师旅外并，穷兵凶于胜负，尽人命于锋镝，其为战国者一百三十六载，抑元海为之祸首云。

仇池（百顷）

（氐族政权）

（氐族政权）

（氐族政权）

（氐族政权）

（氐族政权）

（氐族政权）

成（巴氐族政权）

汉（巴氐族政权）

汉（匈奴族政权）

前赵（匈奴族政权）

（羯族政权）

（羯族政权）

（汉族政权）

（氐族政权）

西凉（汉族政权）

河西部（鲜卑族政权）

南凉（鲜卑族政权）

（匈奴族政权）

慕容部（鲜卑族政权）

前燕（鲜卑族政权）

（鲜卑族政权）

（鲜卑族政权）

（鲜卑族政权）

（鲜卑族政权）

铁弗（匈奴族政权）

胡夏（匈奴族政权）

（氐族政权）

（羌族政权）

（鲜卑族政权）

陇西部

西秦（鲜卑族政权）

（汉族政权）

（鲜卑族政权）

（汉族政权）

蠕蠕（芮芮、茹茹）部落

柔然汗国（柔然族政权）

（鲜卑族政权）

（鲜卑族政权）

（秽貊别族政权）

（丁零族政权）

丁零

（白水羌）

（羌族政权）