14~17世纪由蒙古察合台后代在天山南北建立的中国新疆地方政权，又称亦力把里（并非“别失八里”）。1347年为蒙古都格拉特部贵族拥戴察合台汗后代所建。初以阿克苏为治，不久迁阿力麻里（今霍城县），后又以鸭儿看（即叶尔羌，今莎车）、吐鲁番诸地为治心。

对于公元14世纪至17世纪的新疆历史，学术界并没有统一称呼，大致有如下几种：

1.蒙兀儿斯坦

2.叶尔羌汗国

3.察合台后王政权

4.别失八里/亦力把里

5.东察合台汗国

“蒙兀儿斯坦”是当时中亚地区最流行的称呼，而明代汉籍则使用地名“别失八里”或“亦力把里”来称呼。叶尔羌汗国是现代出现的概念，仅限于称呼1514年到1680年以叶尔羌为中心的新疆地方政权，察合台后王政权也是现代出现的概念，但过于笼统，凸显不出当时中亚地区众多地方政权各自的特点。使用“东察合台汗国”这一称呼的理由，第一是王统上，该汗国由源出察合台汗后裔的秃黑鲁帖木儿家族统治；从区域上看，原察合台汗国东部地区一直处于秃黑鲁帖木儿家族的后代的统治之下；从年代上看，该汗国始于1347年秃黑鲁帖木儿被立为汗，终于1680年蒙古准噶尔贵族噶尔丹占领汗国首府，历史分界十分清楚。也有观点认为，东察合台汗国和叶尔羌汗国“到底是两个不同的政权”，1570年叶尔羌汗国占领吐鲁番，就归并了东察合台汗国。

察合台汗国后期，其政治中心从草原地带移至中亚地区繁华的城镇乡村，但仍有一部分坚持游牧传统的蒙古部落依然活动在伊犁等草原地带。察合台汗国分裂后，东部地区最具实力的是蒙古都格拉特部，该部首领早先因功而被授予所谓“曼尕赖·苏雅”（意为“向阳地”）地区。曼尕赖·苏雅地区东境是库车和轮台，西与费尔干纳盆地接壤，北面是伊塞克湖，南部则同塔里木盆地南缘的且末诸地相连。下属的城镇主要有哈什哈儿（喀什噶尔）、鸭儿看（莎车）、于阗、阿克苏、库车以及中亚的安集延等地。还在汗国即将分裂前夕，为了维护本家族在汗国东部的既得利益，都格拉特部异密就派人四处奔忙，寻觅合适的察合台汗后裔，以防突变。1345年，他们终于在草原地带找到一位名叫秃黑鲁帖木儿的察合台汗后代，并将他带回该部当时的治府——阿克苏。两年后，察合台汗国灭亡，诸侯割据，不相统属，中亚各地处在极度动荡之中。都格拉特部立即拥立秃黑鲁帖木儿为汗，东察合台汗国由此创立。

东察合台汗国的建立不仅使天山南北地区免于政治动乱，而且由于都格拉特部异密遵从蒙古传统，扶立黄金家族后代为汗，进而博得广大蒙古诸部的拥戴，迅速使该汗国填补了察合台汗国覆灭后的权力真空。秃黑鲁帖木儿在巩固内部统治后，积极扩充实力，力图征服河中地区，实现重建察合台汗国的梦想。为此，他除了强迫下属交纳地租赋税以增强军事实力外，还在中亚地区东来传教的沙黑·扎马鲁丁及其子额什丁毛拉的劝解感召下，亲率16万部属皈依了伊斯兰教。军事实力的增强和宗教信仰的一体化进一步加强了汗国的整体实力。于是，从1360年至1361年，秃黑鲁帖木儿带兵两次西征，其结果不仅占据了中亚大城——撒马尔罕，而且使阿富汗、兴都库什山等广大地区都归其所属。《拉失德史》中称，河中地区都被收入其版图，那里所有的王公贵族都效忠于他。征服河中诸城后，秃黑鲁帖木儿汗委派长子也里牙思·火者驻守撒马尔罕城，监理当地事务，他本人则仍东回到首府——阿力麻里，不久病逝于此地。

秃黑鲁帖木儿汗在位时期，无疑是东察合台汗国最为强盛的阶段。他终于实现了统一察合台汗国的愿望，并且建立了一个东连哈密，西至撒马尔罕，北抵瓦剌，南接于阗的容纳众多民族部落的庞大的汗国。

秃黑鲁帖木汉汗创立的东察合台汗国是以成吉思汗“黄金家族”后代为王统，蒙古诸部落为主体并联合西域其他各族组成的松散的政治联合体。其内部经济形态不一，部落组成复杂，各种社会矛盾交织在一起。其中，王室与都格拉特部异密间的矛盾尤其显著。秃黑鲁帖木儿汗在任后期，为限制该部异密在汗国中的权势，未将历来都由该部担任的汗国权力甚重的军政首领一职交给继任的异密怯马鲁丁，从而激起怯马鲁丁的不满。秃黑鲁帖木儿死后，异密怯马鲁丁举兵叛乱，杀死王室成员十八人，汗权因此旁落在都格拉特部异密控制下。内部局势的动荡导致了外部强邻的觊觎，在中亚地区活动的蒙古巴鲁剌斯家族成员帖木儿趁机纠集其旧部起事，以反抗察合台汗后裔对中亚地区的统治。帖木儿率兵不仅打败了也里牙思·火者，占领了撒马尔罕城等中亚各地，并且发兵向东部地区发动了六次东征行动。河中诸地的丢失和汗国政局的动荡削弱了怯马鲁丁的军事实力。1389年，异密怯马鲁丁最终为帖木儿所打败，其本人也在战斗中失踪。同年，秃黑鲁帖木儿汗幼子、逃脱异密怯马鲁丁劫杀的黑的儿火者在草原上为部属拥立为汗。汗国的控制权重新回到察合台汗后裔手中。

1391年（明洪武二十四年），黑的儿火者汗即位后不久，就派遣使臣千户哈马力丁等至明朝贡马和方物，从而开启与中央政府交往联系先河。但是因为受到西部帖木儿王朝的军事压力，黑的儿火者汗同帖木儿的政治关系比较密切。他不仅将其女儿嫁给帖木儿为妻，还为帖木儿王朝的东征活动准备粮饷。此间，伴随着伊斯兰教在汗国内部的进一步传播，黑的儿火者用军事手段强力传播伊斯兰教，他以“圣战”的名义向东部吐鲁番一带扩张势力范围的同时，也将伊斯兰教传到这一带地区。吐鲁番地区当时被称为“达尔·伊斯兰”，意为“伊斯兰教统治地区”。15世纪初，黑的儿火者本人死于对这一带地区的“圣战”中。1414年，明朝出使西域的使者陈诚路经吐鲁番地区，还见到他的陵墓。

黑的儿火者死后，其子沙米查干嗣汗位。在任期间，励精图治，北与瓦剌作战，还试图西征撒马尔罕，以恢复先世失地，同时强化与明朝的联系。1408年，沙米查干卒，弟马哈麻继立为汗。明朝派使者以玺书、文绮衣数袭相赐表示祝贺。马哈麻在位期间，继续在蒙古各部落中推进伊斯兰教传播，所辖地域有所扩大。境内较大的城镇主要有火州、鲁克沁、吐鲁番、哈实哈儿、阿力麻里等。马哈麻一度把汗帐从阿力麻里迁到裕勒都斯草原的忒勒哈纳（今新源县）。

马哈麻死于1416年，其侄纳黑失只罕受明朝册封为汗。纳黑失只罕在位仅两年就被其表弟歪思所杀。之后，汗国政局动荡，马哈麻孙子歪思同叔父失儿马黑麻之间为争夺汗位征战不休。1420年，失儿马黑麻卒，歪思获胜，并登上汗王宝座。其在位期间，多次率兵西进，曾攻入帖木儿王朝属地，又还打着伊斯兰教“圣战”的旗号，北与瓦剌作战，又于1422年前后发兵东征，驱逐吐鲁番地区酋长尹吉儿察，再度将该地区置于自己的统辖之下。为了提高汗室权威，他竭力削弱都格拉特部异密的权力。并迫使侍奉六位蒙古汗的异密忽歹达逃往河中地区，使该部实力受到很大削弱。1428年前后，歪思在伊塞克湖畔同帖木儿王朝作战时中箭身亡。歪思汗死后，统一的东察合台汗国分裂为东、西两部分。

歪思汗遗下两子：长子羽奴思、幼子也先不花，两人其身后都拥有一批蒙古异密显贵支持者。在这场权力角逐中，也先不花得到了大多数贵族的支持，尤其是都格拉特部异密的拥戴。羽奴思被迫带领部属投奔帖木儿王朝。1434年，也先不花登上汗位。也先不花即位后，发兵南征，从帖木儿王朝手中收复哈实哈儿，交给都格拉特部异密管辖，以报答他们拥立之功。此外，他在位期间，还比较稳妥地处理了同草原上的月即别人的关系，并将首府移迁至农牧兼宜的阿克苏地区。在统一汗国内政之后，也先不花又发兵数次西征，给帖木儿王朝多次打击。为了遏制东察合台汗国势力的西进，时在撒马尔罕城的帖木儿曾孙米儿咱·速檀·卜赛因将此时正在中亚地区流浪的羽奴思找了回来。在取得羽奴思永世效忠的承诺后，配以精兵武器，派其东征以牵制也先不花。羽奴思率领雇佣军进入东察合台汗国后，最初获得一些进展，但是在攻打哈实哈儿城时遭到惨败，狼狈逃回帖木儿王朝。1456年，米儿咱·速檀·卜赛因将其安置在安集延附近一个名叫哲得干的城镇驻守，伺机东征。

也先不花卒于1462年左右，其子笃思忒马黑麻嗣父汗位。笃思忒马黑麻昏庸无能，又待下属苛刻，1469年左右病死于阿克苏，境内即刻动荡不定。羽奴思乘机再次发动东征，攻占了阿克苏，继而又占领了吐鲁番地区。同年，羽奴思遣使前往明朝进贡。羽奴思汗曾长期居住生活在农业和商业比较发达的中亚诸地，受过系统的伊斯兰教文化教育，因此喜欢城镇和定居生活。取代也先不花汗成为东察合台汗国的汗王后，依蒙古习俗，他将汗帐设在草原地带。但是为了满足个人的生活享受，使流徙不定的蒙古人成为真正的穆斯林，羽奴思汗极想把汗帐迁到阿克苏等地。然而，其主张遭到汗国内部固守蒙古游牧传统的贵族异密的强烈抵制与反对。其下属曾于阿克苏和塔失干城两次起兵叛变，抵抗迁居农业地区。羽努思汗不得不让步，然而这场内部斗争并没有因此而停止，哈实哈儿城等地归属都格拉特部异密阿巴巴吉儿，后者筑城自保，不听从羽奴思汗管辖，俨然独立于汗国之外。所以，羽奴思汗时期的汗国内部并不稳固。

1478年（明成化十四年），帖木儿王朝内讧，羽奴思汗乘机率部众西征，企图拓展势力范围。中途一部分贵族和异密以不愿到农业区和城镇生活为名，挟持羽奴思汗幼子速檀阿黑麻返回到草原地区。羽奴思汗西征获得成功，塔失干（即塔什干）、赛兰等地皆归其属下。他本人则以塔失干为府治，自此再无东归。1487年，羽努思汗病亡于塔失干城，伴随西征的长子速檀马哈木继承汗位，但实际控制范围仅限于塔失干附近地区，包括蒙兀儿斯坦草原地带在内的原汗国东部地区都为速檀阿黑麻所属，辖内有吐鲁番、察力失（今焉耆）、库车、阿克苏等城。东察合台汗国分为东、西两部分。

公元15世纪，东察合台汗国分裂的主要因素是社会经济形态的分歧。随着政治局势的变化，这种东、西分裂的局面不断加剧。占据汗国东部地区的速檀阿黑麻汗坚守蒙古“札撒”，保持浓厚的草原游牧生活习俗；占据塔失干附近地区的速檀马哈木继承其父衣钵，热衷于繁华的城镇定居生活。相比之下，汗国西部政权由于同帖木儿王朝的关系错综复杂，没有巩固的社会基础，局势一直处在极度动荡之中。先是速檀马哈木为了对付帖木儿王朝的进犯，同草原地区的月即别首领沙亦即汗联盟。月即别人则在驱逐帖木儿后裔进犯并占据撒马尔罕城后，随着实力的增强，野心膨胀，反过来围攻塔失干城，妄图反噬速檀马哈木政权。1501-1502年，驻扎在吐鲁番的速檀马黑麻获知其兄被围攻的讯息，便将政事交给长子满速儿监理，在幼子萨亦德的陪伴下，带领部众前往支援。虽然塔失干城之围解除。但兄弟两人的联军则在中亚地区一个名叫阿黑昔的地方落入月即别军队的重围中，最终全军覆灭，两兄弟皆成为沙亦即汗的阶下囚。沙亦即汗念及故情，释放速檀马哈木兄弟，并允其东还。东察合台汗国西部政权因此瓦解。次年，速檀马黑麻汗病死于阿克苏城。而速檀马哈木回到阿克苏后由于同几个侄子关系不睦，愤而西奔投靠月即别人，1508年被沙亦即汗杀死于阿姆河畔。

塔失干城的丢失与速檀阿黑麻汗的过世，使满速儿继承汗位，并且成为整个汗国的大汗。但是，因为内乱不止，又有外部哈实哈儿都格拉特部异密的围攻，致使汗国政局不稳，满速儿在阿克苏登基，但迫于异密阿巴巴吉儿的凌厉攻势，最后被迫放弃该城，向东撤至吐鲁番一带固守。此时东察合台汗国衰败之迹昭然可见。

就在这时，早先跟随速檀马黑麻前往塔失干城的萨亦德经过若干年经营，逐渐发展成为中亚地区一支不容忽视的政治势力。萨亦德在阿黑昔战役中腿部受伤被俘，曾在月即别帐中充任了一段时期幕僚，后来在一次战斗中乘机逃出来，投奔了此时驻扎在哲得干的伯父速檀马哈木麾下。不久，他又逃出来投靠了草原上的吉利吉斯人，在那里培植势力，组建了一支军队。但不久就被速檀满速儿的远征军打散，萨亦德先是逃到费尔干纳投靠月即别人，后又仅带领随从抵达今天阿富汗的喀布尔，投奔同属于蒙古王族后裔的巴布尔汗。在此，萨亦德受到热情款待，并被安置在安集延一带驻守。经过数次战斗，萨亦德终于在自己周围聚集了一批亲信，并通过击败来自异密阿巴巴吉儿的进攻，收服数千名俘虏而组成了一支自己的武装力量。不久，巴布尔汗军队被月即别人打败，河中地区成为月即别人的天下。1514年（明正德九年）春，月即别人发兵进攻安集延。面对中亚局势的突变，萨亦德为了保持实力，避免同月即别人正面作战，在月即别人进入安集延之前，带领部属进行战略大转移，向东行，辗转数地，撤人哈实哈儿境内。当时，统治这一带地区的是都格拉特部异密阿巴巴吉儿。因为阿巴巴吉儿数十年在天山南部各地的残暴统治，内部矛盾重重，局势极度不稳。萨亦德率领4000余众，采取各个击破的战略方针，先取英吉沙，哈实哈儿守军闻讯弃城逃跑，驻守在叶尔羌的异密阿巴巴吉儿及其长子见大势已去，仓皇逃亡于阗，后在拉达克被追兵捕杀。这样，天山南麓各城基本都处在萨亦德统辖之下。因为萨亦德将其首府定在叶尔羌，后人称其建立的政权为“叶尔羌汗国”。事实上，该政权是东察合台汗国歪思汗后分裂为东、西两部分的继续。

叶尔羌汗国的建立，对以吐鲁番为统治中心的满速儿汗政权构成极大威胁。但是，萨亦德汗在完成对天山南部诸地的政治统一后，再不向东部拓展势力范围，并且主动派使臣与满速儿汗联络，图谋双方友好相处。满速儿汗为了维护自己摇摇欲坠的统治，不得不默许其弟对天山南部各城的统治。1516年，兄弟两人在阿克苏和库车之间的一个名叫阿尔巴特的地方举行会晤。萨亦德汗在会谈中表示在虎图拜（伊斯兰教祈祷仪式）中朗诵满速儿名字，并以其名字铸钱（伊斯兰教习惯法中表示崇拜最高统治者），以表示臣服。而满速儿汗则不追究萨亦德汗以往活动，承认现状。阿尔巴特会晤在形式上表明了汗国的政治统一，有利于汗国内部的社会发展。有史料认为，当时从哈密到安集延广大地域，即便只身旅行，不仅无须准备干粮，并且沿途也无安全之虞。然而，汗国内部的种种矛盾依然存在，特别是伴随着蒙古贵族的伊斯兰化程度加深，以及蒙古汗不断地发动所谓“圣战”以拓展地盘，内争迭起，西域各地的政治局势更加错综复杂。

公元16世纪中叶满速儿、萨亦德兄弟的会晤事实上依然是汗国分裂的继续。表面上的统一不过为双方下一步的争夺势力范围提供了缓冲时间。因此，阿尔巴特会晤结束后，兄弟俩随即分别率领人马对周邻地区进行征伐，以拓展各自的势力范围。与他们以往发动的诸多征战不同的是，此次两人都是打着伊斯兰“圣战”的旗帜，这反映了伊斯兰教此时在蒙古王公中的深刻影响。

满速儿汗由于西征无门，就将征服的重点移向东部，与明朝争夺对于哈密地区的控制权，由于明朝衰落，嘉峪关以西皆被满速儿占据。速檀赛则于1522年占据了北部的草原地带，留长子阿不都·拉失德驻镇那里。1524年至1525年间，乘河中的月即别首领去世、内部动荡之机，率军西征，克讹迹邗、马都等城。1531年，萨亦德以“圣战”名义向西南方向进行扩张战争，吞并了克什米尔、拉达克等地。次年，遣部将领兵攻打佛教圣地西藏的拉萨。1533年，萨亦德汗病死于南征途中。其子阿不都·拉失德嗣位。满速儿闻讯后，即刻发兵西征，企图乘机吞并其弟辖地，但以失败告终。1545年，满速儿汗卒，长子沙袭立其位。自后，汗国东西两地又陷入长时间的动荡中。

在西部地区，阿不都·拉失德汗为了巩固个人的政治统治地位，上台之初，便大肆捕杀宫中的老臣宿将，又竭力削弱都格拉特异密的权力，对外则联盟草原上的月即别——昔班部来对付哈萨克人，并数次将其击败。同时，他还陆续出兵，向西征伐安集延，向东进攻吐鲁番地区，且都取得一定战绩。经过一段时期的励精图治，西部地区在阿不都·拉失德汗的治理下，社会稳定，经济文化有很大进步。1559年，阿不都·拉失德汗去世，经过一场残酷的宫廷斗争后，二子阿不都·哈林继承汗位。阿不都·哈林汗在位期间，西部地区军事实力不断稳固发展。与此相反，由于从政能力平庸，属众不服，沙汗在东部地区的统治地位则日渐衰微。管理各地事务的家族成员不听调遣，各称雄长。1566年，北征瓦剌时，沙汗死于流矢，沙汗的叔伯弟速檀马速继立为汗。东部地区的这一变故引起西部阿不都·哈林的不满，速檀马速刚刚上台，阿不都·哈林的弟弟锁非速檀、马黑麻速檀等借口速檀马速的出身问题（非察合台后裔），于1570年出兵攻占吐鲁番地区，俘获速檀马速，而扶立马黑麻速檀为吐鲁番地区的首领。同年，马黑麻速檀等兄弟以吐鲁番王名义遣使北京朝贡，建立了叶尔羌汗国与明朝的联系。这种局面的出现表明，东察合台汗国东部地区自此为阿不都·哈林治下的叶尔羌汗国所统一。

1591-1592年间，阿不都·哈林汗死，其弟马黑麻速檀继位。他在任期间，将其弟阿都剌因派驻吐鲁番地区，又分其诸子孙镇守哈实哈儿、英吉沙尔、阿克苏等地，从而建立了自己的家族统治。政令的统一有助于社会经济的发展，葡萄牙传教士鄂本笃记载，当时的叶尔羌城“商贾如鲫，百货交汇”，一派繁荣景象。但是，至1610年左右，马黑麻速檀死，其子阿黑麻速檀继承汗位后，形势急剧发生逆转。由于阿黑麻速檀非汗长子，进而同蒙古传统的“长者为汗”的原则相背离，汗国政局开始动荡不定。阿黑麻速檀为了平息各地此起彼伏的叛乱而耗尽精力，汗国遭到严重削弱。在此期间，东部的阿都剌因火中取栗，向西扩张，获取了焉耆等地的实际控制权，并公开称汗，同汗国对峙。

1618-1619年，阿黑麻速檀在狩猎时被杀，经过一番宫廷争斗，阿黑麻速檀的次子阿不都·拉提甫被异密们拥立为汗。汗国政治危机日益严重，异密势力得到进一步增强，伊斯兰教和卓势力的兴起和发展深刻影响汗国的政局走向。阿不都·拉提甫在位12年死去。1630~1631年间，阿不都·拉提甫侄子、时任阿克苏总督的速檀阿黑麻继立为汗。然而很快就为其兄、哈实哈儿总督速檀·马合木取代，速檀·阿黑麻于战乱中逃到阿克苏。在西部地区政局动荡之际，东部地区则在阿都拉因汗的治理下显得比较稳定，特别是他竭力维持与明朝间的政治经济往来联系，使其域内社会经济状况数十年保持平稳发展的趋势。阿都拉因汗在位40年，于1635年左右去世。长子阿布伦·木汉默德·阿济汗继位后，利用雄厚的经济和军事实力，率兵西征，攻占了阿克苏城，而后又继续南下占领了哈实哈儿、叶尔羌等城镇，再度统一了汗国全境。随后，阿布伦·木汉默德·阿济汗打败了北部强敌瓦剌的进攻，同时向西部发兵远征并大获全胜，又摆脱了长期受吉利吉斯人控制的局面。阿布伦·木汉默德·阿济汗在位期间，继续其父与中央政府交好的原则，内地正值明清鼎革之时，1655年，阿布伦·木汉默德·阿济汗直接向清朝遣使纳贡。清朝规定：“自此以后，每五年一次来贡。”朝贡关系的确立对于之后西域政局的变化有重要的作用。

这一时期，伊斯兰教“和卓”势力的壮大和变化也是影响汗国局势的一个重要因素。和卓家族在汗国内部的勃兴始于阿不都·哈林汗时期，先是黑山派势力逐渐成为蒙古贵族依靠的主要精神力量。但是，随着形势的发展，和卓由汗王的支持者变为政权的操纵者。到了阿布伦·木汉默德·阿济汗统治时期，白山派和卓势力兴起。白山派与黑山派作为先知穆罕默德“圣裔”的玛哈图木·阿杂木的后代，二者在宗教教义上并没有太大的分歧和差异，只是两个教派而已。白山派进人汗国之前，黑山派和卓家族几乎控制着诸位察合台汗王，阿布伦·木汉默德·阿济汗统一汗国后，白山派代表人物玛木特·玉素甫移居哈实哈儿城。他当时倚赖的政治靠山是太子、时任哈实哈儿城总督的尤勒巴斯。尤勒巴斯野心勃勃，在他的鼓励操纵下，白山派势力发展很快，这就自然同黑山派发生利益冲突。两大宗教派别之争加剧了汗国的政治危机。1667年（清康熙六年），尤勒巴斯外结准噶尔势力进攻哈实哈儿、叶尔羌等地，阿布伦·木汉默德·阿济汗兵败出逃国外，尤勒巴斯控制汗国大权。黑山派和卓不甘心失败，首领玛木特·阿不都拉率领信徒撤离叶儿羌城，聚居阿克苏，扶植阿布伦·木汉默德·阿济汗的弟弟伊斯马因汗。与此同时，尤勒巴斯在白山派和卓的支持下在叶尔羌城登基。为了统一汗国，双方大动干戈。

双方争斗过程中，卫拉特（瓦剌）准噶尔部参与了进来，致使问题更加复杂。由于尤勒巴斯汗得到势力强大的准噶尔部领袖僧格的支持，起初获得胜利。但是，因为尤勒巴斯汗不愿彻底依附僧格，后被废黜，其子阿不都·拉提夫被扶立为汗。不久，伊斯马因在僧格的政敌厄勒丹台什的支持下，乘机向叶尔羌城发动进攻。至1670年，相继攻占了叶城、叶尔羌和哈实哈儿等地。伊斯马因进入叶尔羌城后，遂宣布为大汗。黑山派得势，白山派遭到残酷镇压。白山派和卓首领阿帕克和卓（玛木特·玉素甫之子）逃出哈实哈儿城，途经克什米尔进人西藏，见到了五世达赖喇嘛，获得其同情和支持，中经引荐，取得了实力雄厚的准噶尔部首领噶尔丹的支持。1680年，在阿帕克和卓的引导下，准噶尔人攻占了乌什、阿克苏、哈实哈儿以及叶尔羌诸城，伊斯马因汗被俘，与其全家老小被解送到伊犁。由察合台后裔建立的东察合台汗国最终灭亡。

东察合台汗国的疆域分三部分：

一是亦力把里本部，东起北塔山，西到塔什干，北界额敏河至巴尔喀什湖一线，南包天山山脉；

二是杜格拉特部领地，包括塔里木盆地周围，帕米尔高原及其以西费尔干地区；

三是畏兀儿地，即吐鲁番盆地。

东察合台汗国依然大体上继承了察合台汗国的体制，以其定都叶尔羌时期（叶尔羌汗国）为例，主要有：

东察合台汗国时期，在以天山北部草原地带为中心的畜牧业经济持续发展的同时，南部诸地为主的农业种植业经济也有不同程度的发展，但在新疆经济史上，特别是农业的发展，东察合台汗国时期没有出现令人注目的经济成就和繁兴景象。此间原因很多，主要有以下两点：一是作为统治民族的蒙兀儿人本身生产力比较落后，社会经济发展水平低，特别是汗国初期蒙兀儿诸汗及诸部落首领、异密坚守传统的以游牧为主的生产生活方式，天山北部社会经济与以前相比，甚至出现退耕还牧现象；二是这一时期政治上的不稳定和连绵不断的社会动乱也阻碍了当地经济的正常发展，如公元16世纪满速儿汗时期汗国内部发生的都格拉特部异密札八儿叛乱以及米儿咱·阿巴·癿乞儿派兵对阿克苏、拜城和库车诸城的劫掠。海答儿书曰：他们将居民赶出城外，劫走所有的牛羊家畜和财物，致使那里相当一段时期“昔日的城堡村庄只落得由鹰隼为王，而原野则成了黄羊的世界”。社会动乱对社会经济的摧残破坏由此可见。

东察合台汗国时期，天山南北诸地虽然战乱频仍，社会时常处于动荡之中，但是其地手工业和商业却仍有一定程度的发展。手工业方面，位居天山北部的别失八里亦力把里诸地，出产铜铁、铅、白氍布矾砂诸物。土鲁番、火州等地则产有盐、砜砂、白毡布。天山南部鸭儿看、于阗、哈实哈儿的玉石更是闻名于世，手工业也很繁荣。

东察合台汗国时期，已经开始并且能够铸造钱币了这显然也是为了适应当时经济流通和商品交换的需要。东察合台汗国所辖地域范围皆位处丝绸之路中界，自古以来商胡贩客不绝于途，贸易交往十分繁荣。蒙兀儿人占据此地后，特别是后来大批蒙兀儿人定居，经营农业、手工业，遂与周邻各地的商业往来也频繁起来。据史籍记述，天山南部的鸭儿看城，“商贾如鲫，百货交汇，屹然为是方著名商场”。所有东往西来的商队，“咸至此休整编队，继续前往，商队首领亦俱为汗王以某人纳金数量多寡任命。公元15世纪下半叶，商业利欲使东察合台汗对位处“西北诸胡往来之衡要路”的哈密甚为关注，他们“企图以占哈密为利价”、“以规贡利”。哈密卫的攻占使东察合台汗垄断了当时的中西交通要道。他们倚此贡路，取商队重税，获利甚巨，以致于他们称此为“金路”。除了垄断贡路、获取重利外，汗王们还常遣使臣商贾与周邻各地往来，直接进行商业贸易活动特别是东与中原内地的往来尤为密切。根据资料记载，从黑的儿火者汗始，迄汗国末叶的阿不都拉汗时期，蒙兀儿人与明、清两朝的贸易往来一直没有中断。当时朝贡商队人数之多、交换商品种类之多以及数额之巨皆属罕见。

东察合台汗国的军事组织的突出特点是兵民合一，平时放牧，战时出征，部族首领平时是行政首脑，战时是军事长官。东察合台汗国的军事官员主要有异密（阿拉伯语意义为首领、国王，东察合台汗国时意为军事长官或将军）、别吉（突厥语意为大本营长官，是汗国的最高军事长官）、伯克（与异密相同，指直接掌握一定军队的游牧军事贵族或实力人物）等。

察合台汗国时期，对各种宗教实行兼容并蓄的政策，但到东察合台汗国时期，就成了伊斯兰教一家独大，从而完成了新疆伊斯兰化的进程，对新疆历史产生深远影响。

秃黑鲁帖木儿即位前夕，也就是在他18岁的时候，在阿克苏地区狩猎途中偶遇因逃荒流落此地的布哈拉穆斯林。经过一番耐心教诲，秃黑鲁帖木儿完全为沙黑·札马鲁丁折服，他最后向这位伊斯兰传教士表示，一当登基掌握最高权力，一定邀请沙黑到他那里，他将皈依伊斯兰教。此后不久，沙黑·札马鲁丁便于阿克苏告别人世。临终前，将此事告诉他的儿子额什丁，叮嘱若这位蒙兀儿人作了大汗，一定不要忘记提醒他遵守诺言。后来，秃黑鲁帖木儿荣登汗位，额什丁闻讯，便由阿克苏起身赴东察合台汗国首府阿力麻里（伊犁），拜见秃黑鲁帖木儿汗，到那儿之后额什丁虽然竭尽全力，欲面觐汗王，然而都未能如愿。于是，他每日清晨就在汗帐附近高声地呼喊，最后终于获允面见了汗王。秃黑鲁帖木儿在得知沙黑·札马鲁丁的临终遗言后，表示一定兑现自己的承诺，接着由大毛拉黑的马特主持汗的入教仪式。秃黑鲁帖木儿诵读真主祷词，行过割礼，成为一名穆斯林。随后在他的强制下，其属下达官贵人以及民众16万人剪掉长发皈依了伊斯兰教。

秃黑鲁帖木儿汗及其部众虽然在公元14世纪初宣布改信了伊斯兰教，然而其属众成为真正的虔诚穆斯林却经历了一段相当长的时间，这里最重要的因素就是由于蒙兀儿人以游牧为主，常年过着流徙不定的生活，所以自然在开始时不能严守伊斯兰教教规，，完成教规规定的功课。

在促使广大蒙兀儿人伊斯兰化过程中，蒙兀几诸汗王起着关键作用。继承秃黑鲁帖木儿汗后在任的所有蒙兀儿汗王大都是虔诚、狂热的伊斯兰教徒，诸如秃黑鲁帖木儿之子黑的儿火者，称汗后不久便向东部异教徒地区发动“圣战”，《拉失德史》记载该汗曾经进攻契丹（中国），并亲自攻占了契丹的两个边陲重镇哈剌和卓和土鲁番，强迫当地居民皈依伊斯兰教。因此，这两个地方就被称为“达尔・阿勒・伊斯兰（Der al islam）”，意思是指在那里建立穆斯林权力，居民信仰伊斯兰教，而不信仰伊斯兰教的居民在那里要服从穆斯林的统治，没有完全的自由。

至1473年羽奴思汗发兵攻占哈密地区以后，直到16世纪初，历经半个世纪与中原明朝的争夺哈密终究落入东察合台汗国辖下，于是新疆全境遂处于伊斯兰教的影响和统治之下。

16世纪，额什丁家族势力衰亡，来自中亚的伊斯兰教苏菲派教团——纳合西班迪教团在东察合台汗国兴起，受到汗王的崇敬，主导了汗国的意识形态，乃至深度渗透政治领域，直至汗国为准噶尔所灭。

东察合台汗国时期，回鹘文作为一种官方书面语言，只是流行于社会中、上层中。而且其使用范围也仅局限于天山北部伊斯兰文化最初还不甚发展的地区，例如尚未发现有关哈实哈儿、鸭儿看诸地区应用回鹘语言的文献记述和实物资料。后来，随着蒙兀儿贵族的逐渐突厥化和伊斯兰文化的深入传播，回鹘文便渐趋为以阿拉伯字母为基础的察合台语言所替代。

除回鹘文外，波斯语当时在东察合台汗国域内也较为流行，尤其反映在文学诗歌中。这种情况之形成，与当时波斯文化比较发达有很大关系。官员学者皆以操波斯文进行创作为荣。出生于哈实哈儿的蒙古都格拉特部异密米儿咱・马黑麻・海答儿于公元16世纪写成的史学著作《拉失德史》即是用波斯文创作的。蒙兀儿诸汗，如赛德、阿不都・哈林等都擅长于用波斯文进行写作，曾有诗文传世。当时许多波斯古籍也在民间广为流传。

东察合台汗国时期文化的发展尤其反映在文学、诗歌的创作方面。王室贵戚们积极推崇，并且身体力行，有力地推动和促进了这一时期文学、诗歌的创作。伊斯兰波斯文化的东传和推广对于汗国内文化的影响殊巨，它起着一种催化和促进作用，不仅使中亚西亚其他信仰伊斯兰教国家和地区的文学创作深受其感染，即使是东察合台汗国境内的蒙兀儿人、维吾尔人也毫不例外。尽管如此，东察合台汗国时期文学、诗歌创作的主流是以“察合台文学”为其主要特征的。所谓“察合台文学”亦即用察合台语进行文学创作的文学、诗歌等。察合台语朴实、清新，极适宜于文学创作特别是在反映现实题材方面比波斯语更富有表现力。代表性文学家有阿塔依、赛卡克和鲁提菲。

东察合台汗国时期，各族劳动人民在乐舞方面最大的贡献就是对畏兀儿族传统的民间古典音乐《十二木卡姆》进行的改革和整理。据考证，“木卡姆”为古龟兹语“Maka-ykne”，意即“大曲”。它的原始形式当是公元前2世纪流传在今新疆东部天山以南地区的“摩诃兜勒”。公元16世纪，木卡姆乐舞艺术在东察合台汗国时期又经历了一次很大的变革。阿不·都·拉失德汗及妃子阿曼尼莎罕乐师喀迪尔汉对它进行了系统的规范整理，使之成为一套集古代畏兀儿传统音乐、演奏音乐、诗歌舞蹈于一身的固定的规范化大型套。

东察合台汗国奉明朝为宗主国。

黑的儿火者登上汗位不久，便遣使到明朝称臣朝贡，明太祖盛情接待、赏赐，并派使臣回访。从此东察合台汗国历代汗，如沙迷查干汗、马哈麻汗、纳黑失只罕汗、歪思汗等奉明为宗主国，经常遣使进贡驼、马、玉石、皮货等特产；明朝则优厚回赐丝绢、金银等财物。

明为了统辖西域，1406年在哈密设卫。哈密卫是明朝在西域建立的行政、军事机构。明朝还册封西域各部首领为王，如哈密王、别失八里王、吐鲁番王、瓦剌王等，并任命西域各部头目为中部的都指挥、都渐佥事等官，管理本部行政事务。

东察合台汗国时期，哈萨克族在楚河、塔拉斯河流域形成，成为中华民族的一员，为开拓祖国边疆、发展西域经济作出了重大的贡献。

哈萨克族是中国古老的民族。公元前2世纪，生活在伊犁河谷和七河流域的乌孙人，融合了塞种人和月氏人成为哈萨克族的先世。此外，6—13世纪生活在这一地区的西突厥、突骑施、葛逻禄以及康居、阿兰、咄陆、铁勒等部落和部族也融合到哈萨克中。

13—14世纪，哈萨克部落处于钦察汗国和察合台汗国的统治之下。1456年，克烈汗和贾尼别克汗率领哈萨克人在楚河流域建立了哈萨克汗国，都城为土尔克斯坦城。汗国的建立对哈萨克民族的形成具有决定性的作用。1589年，哈萨克人及其分布地区分三个玉兹，大玉兹分布于巴尔喀什湖南部及伊犁河到锡尔河之间的广阔地区；中玉兹分布在大玉兹之北，即巴尔喀什湖西北草原地带；小玉兹分布在今哈萨克斯坦西部。后来，大、中玉兹服属于准葛尔部，小玉兹被沙俄侵并。

东察合台汗国是伊斯兰教在新疆获得重大发展的时期。察合台后王在境内强制推行伊斯兰教，蒙兀儿人亦逐步改宗伊斯兰教并融合到维吾尔等民族中，以额什丁家族为代表的和卓宗教贵族在新疆南部兴起。1354年秃黑鲁帖木儿汗接受额什丁和卓父子的宣传，归信伊斯兰教，并带动16万蒙兀儿属下集体信教，随后，额什丁和卓又在库车地区展开宣教活动，当地居民改宗伊斯兰教。黑的儿火者汗则以“圣战”征服佛教占统治地位的吐鲁番地区。优努斯汗时，蒙兀儿人被承认为伊斯兰教的成员。艾哈迈德及其子曼苏尔长期对明朝控制的哈密进行争夺，终使其成为伊斯兰教地区。在推行伊斯兰化的过程中，察合台后王与伊斯兰教上层教职人员紧密结合，支持伊斯兰教的社团组织，对不愿改宗伊斯兰教的民众进行镇压，流放佛教僧侣，拆毁佛寺，焚烧佛经，用刑罚迫使人民遵守伊斯兰教法教规。16世纪，伊斯兰教在新疆确立了统治地位，成为维吾尔族全民信仰的宗教。

别失八里

亦力把里

吐鲁番

叶尔羌汗国