元至正二十一年(1361年),淮海府改称
维扬府,元至正二十六年(1366年),淮海府改称扬州府。时扬州府领
高邮州、
通州、
泰州3州及
江都、
泰兴、
仪征、
如皋、海门、
宝应、
兴化、六合、崇明9县。
明太祖洪武元年(1368年),罢除江南
行中书省,设置京师(后改南京),扬州府属之。洪武二十三年,分六合属
应天府,崇明属
苏州府,扬州府领3州7县,并直辖江都、仪真、
泰兴县,
高邮州领宝应、兴化县,泰州领
如皋县,通州
领海门县。
清顺治二年(1645),设立
江南省,扬州府属之。乾隆二十五年(1760),江南省正式分为
江苏、安徽二省,扬州府属江苏省。通州升为
直隶州,辖境缩小。咸丰三年(1853)四月,
太平军攻占扬州,曾改扬州府为扬州郡,改
甘泉县为甘泉天县,历时8个多月。
宣统三年九月十七日(1911年11月7日),扬州光复。二十日,扬州军政分府宣布成立,隶属
镇江都督管辖。