查理五世（英文：Charles V，1500年2月24日–1558年9月21日），神圣罗马帝国哈布斯堡王朝皇帝（1520年–1556年在位），尼德兰君主（1506年–1555年在位），德意志国王（1519年–1556年在位），西班牙哈布斯堡王朝首位国王（称卡洛斯一世，西班牙文：Carlos I，1516年–1556年在位），同时也是奥地利哈布斯堡王朝的一员。

显赫家世

查理五世（一译卡尔五世）在1500年2月24日生于佛兰德伯国的根特（今属比利时）。是哈布斯堡王朝广泛的皇室联姻的最终产物。他是出身于哈布斯堡家族的奥地利大公腓力一世与卡斯蒂利亚女王胡安娜（疯女）之子，阿拉贡的费尔南多二世与卡斯蒂利亚的伊莎贝拉一世的外孙，神圣罗马帝国皇帝马克西米利安一世和勃艮第女公爵玛丽的孙子。他自幼在低地国家被抚养长大，童年时的教师是乌得勒支的艾德里安（即日后的教皇哈德良六世）。

因为当时形势复杂，所以查理五世的具体国籍很难说明。从父方来看，他是奥地利哈布斯堡王朝的一员，但他不是纯粹的奥地利血统。他的母亲是西班牙人，西班牙也是他的帝国的核心，但他在西班牙却经常感到自己是个外来者。他的母语是法语，那是他长大的地方“低地国家”（包括比利时，卢森堡，荷兰）的贵族们通用的语言，然而法国正是他终生的敌人。

1501年，腓力和胡安娜把查理交给他的姑姑，萨伏伊公爵夫人奥地利的玛格丽特看管，然后就去了西班牙。他们很少回来探望他们的儿子，因此查理和他的姐姐埃莱奥诺雷、妹妹玛丽和伊莎贝拉在公爵夫人的宫廷里，在梅切伦长大，没有父母陪伴。他接受了克罗的威廉二世和乌得勒支的阿德里安的教育。

1504年，伊莎贝拉一世去世，胡安娜成为卡斯蒂利亚女王。腓力在1506年被承认为国王，但不久之后他就去世了，这一事件使精神不稳定的胡安娜彻底精神错乱。她与世隔绝地隐居在托德西拉的一座修道院里。

随着父亲的去世和母亲的被监禁，查理成为勃艮第公爵，并被公认为阿斯图里亚斯亲王（西班牙的推定继承人）。

竞选皇帝

查理于1506年（他的父亲死于那一年）继承了低地国家和弗朗什孔泰。当他强悍的外祖父费尔南多二世在1516年去世后，他成为一片巨大领地的拥有者，这片领地包括他母亲的卡斯蒂利亚和费尔南多二世统治的阿拉贡、纳瓦拉、格拉纳达、那不勒斯、西西里、撒丁, 以及整个西属美洲（在他统治时期，西班牙在美洲的殖民地由于征服墨西哥和秘鲁又扩大了好几倍）。

1518年3月22日，查理五世与航海家斐迪南·麦哲伦签订协议，资助他进行了人类历史上第一次环球航行。

在祖父马克西米连一世去世后，查理又得以继承哈布斯堡家族在奥地利的产业。通过向选帝侯行贿等手段（得到德意志银行世家富格尔家族的资金支持），他在1519年战胜法国国王弗朗索瓦一世当选为神圣罗马帝国皇帝。

镇压西班牙城市暴动

查理即位之初，西班牙的政治不统一，各种势力分割国家的权力。在长达八个世纪的反阿拉伯——摩尔人斗争中，封建贵族取得了不少特权，并出现大批城市公社。在卡斯提、阿拉冈、卡塔罗尼亚和瓦伦西亚等地，由贵族、教士和城市上层组成的等级议会权力很大，甚至有权审议王位继承。国王即位要向议会宣誓，议会有权罢黜国王，并可以结成同盟对国王宣战。查理即位后决心要铲除各种反对王权的势力，强化专制政权，镇压反对君主专制的人。

他直接委派代表国王的行政官吏进驻重要村镇，取消议员不受侵犯的特权规定，对城市强制贷款、任意加派税收，并且大兴异端法庭，以异端罪名镇压敢于反抗君主专制的人。这一切都激起城市各阶层强烈不满，终于酿成了1519年城市公社暴动。

卡斯提尔有十一个城市在阿维拉组成军事同盟，与王室的军队展开武装斗争，一部分贵族的僧侣也参加起义，托勒多的贵族胡安·德·巴狄利亚任起义军首领。城市起义迅速席卷了西班牙中部和北部。

面对城市争取自由的燎原烽火，查理一方面采取分化瓦解政策，另一方面又笼络封建贵族，在他们当中任命两个新摄政，并向贵族作了种种让步，使贵族纷纷退出起义的队伍，然后调集大批军队与贵族一起镇压争取自由的市民。

1522年7月查理带着4000名德意志雇佣军杀回西班牙，10月末彻底镇压了城市暴动，处死290名起义者。王权战胜了地方议会。可是，查理继续奉行与贵族结盟的政策，捍卫他们的特权利益，鼓励外国商品的输入和本国原料的输出，这就沉重地打击了西班牙的工商业。但从另一方面来说，一个顺从而强大的西班牙构成他日后在欧洲驰骋的基础。

意大利战争

查理继承的阿拉贡王冠包括那不勒斯王国、西西里王国和撒丁王国。作为神圣罗马帝国的皇帝，查理在意大利北部的几个州享有主权，并拥有伦巴第铁王冠（1530年获得）。然而，米兰公国被法国控制。

1515年，法国在马里尼亚诺战役中战胜瑞士，从斯福扎家族手中夺走了米兰。

1521年，在查理五世和教皇利奥十世结盟的背景下，罗马教皇的军队成功地在米兰重新安置了斯福扎。一年后，一支法国–瑞士军队终于在比科卡战役被驱逐出伦巴第。然而在1524年，法兰西的弗朗索瓦一世重新夺回了主动权，穿越到伦巴第，米兰和其他几个城市再次遭到他的攻击。只有帕维亚坚持了下来，1525年2月24日（查理的25岁生日），查理·德兰诺伊率领的查理军队在帕维亚战役中俘虏了弗朗索瓦并镇压了他的军队。

1535年，弗朗切斯科二世·斯福尔扎去世，没有继承人，查理五世在已故公爵最有影响力的朝臣之一——马西米利亚诺·斯坦帕的帮助下吞并了这块土地，使它成为一个空置的帝国国家。尽管在意大利战争中，这些领土多次遭到入侵，但查理成功地占领了它的所有意大利领土。

此外，哈布斯堡在地中海的贸易一直受到奥斯曼帝国的干扰。

1538年，一个由所有意大利国家和西班牙王国组成的神圣联盟成立，旨在将奥斯曼帝国赶回来，但在普雷韦扎战役中被击败。查理没有取得决定性的海军胜利。

直到1571年查理死后，在勒班陀海战中才取得这一胜利。

两线作战

查理统治的大部分时间都被与法国的冲突所占据，法国发现自己被查理的帝国包围，而它仍然在意大利保持野心。

1520年，查理访问英国，他的姨妈阿拉贡的凯瑟琳敦促她的丈夫亨利八世与皇帝结盟。

1508年，查理被亨利七世提名为嘉德勋位。他的嘉德勋位勋章仍保存在圣乔治教堂。

与查理的死敌，法国国王弗朗索瓦一世的第一次战争始于1521年。查理与英国和教皇利奥十世结盟，对抗法国人和威尼斯人，取得了巨大成功，在1525年的帕维亚战役中，他将法国人赶出了米兰，打败并俘虏了弗朗索瓦。为了获得自由，弗朗索瓦在马德里条约中将勃艮第割让给了查理，以及放弃支持亨利二世对纳瓦拉的主张。

然而，当弗朗索瓦被释放时，他让巴黎议会谴责这项条约，因为它是在胁迫下签署的。法国随后加入了教皇克莱门特七世与英国亨利八世、威尼斯人、佛罗伦萨人和米兰人组成的白兰地联盟，以抵抗意大利的帝国统治。

在随后的战争中，查理对罗马的杀戮（1527年）和教皇克莱门特七世在1527年的实际监禁阻止了教皇废除英国亨利八世和查理的姨妈阿拉贡凯瑟琳的婚姻，因此亨利最终与罗马决裂，从而导致了英国的宗教改革。

在其他方面，战争是没有结果的。在《坎布雷条约》（1529年）中，由于是查理的姑姑奥地利的玛格丽特和弗朗索瓦的母亲萨伏伊的路易丝谈判达成的，因此被称为“夫人合约”，弗朗索瓦放弃了在意大利的主权要求，但保留了对勃艮第的控制权。

1536年爆发了第三次战争。在米兰最后一位斯福扎公爵去世后，查理不顾弗朗索瓦的主张，将他的儿子费利佩安插在公爵领地。这场战争也没有结果。弗朗索瓦未能征服米兰，但他成功地征服了查理的盟友萨伏伊公爵的大部分土地，包括他的首都都灵。

1538年在尼斯的休战结束了战争，但只持续了很短的时间。

战争在1542年恢复，弗朗索瓦现在与奥斯曼苏丹苏莱曼一世结盟，查理再次与亨利八世结盟。尽管法国–奥斯曼舰队征服了尼斯，但法国无法向米兰挺进，而由查理本人领导的英国–帝国对法国北部的联合入侵虽然取得了一些成功，但最终被放弃。

1544年又一次和平，恢复了战前的现状。

1551年，查理与弗朗索瓦的继承人亨利二世爆发了最后一场战争。亨利在洛林取得了胜利，在那里他俘获了梅茨，但是法国在意大利的进攻失败了。查理在这场冲突的中途退位，把战争的进一步指挥权留给了他的儿子费利佩二世和他的兄弟，神圣罗马皇帝斐迪南一世。

查理不断与奥斯曼帝国作战。

1526年匈牙利在莫哈奇战役中的失败“在欧洲掀起了一股恐怖浪潮。”

1529年，奥斯曼帝国在包围维也纳（参见词条维也纳之围）时停止了在中欧的进攻，随后查理五世在多瑙河对岸发起反击。

然而，到1541年，匈牙利中部和南部完全被土耳其人控制。

尽管基督教联盟取得了一定的胜利，如1535年征服突尼斯（参见词条突尼斯战役），苏莱曼还是赢得了地中海的统治权。

在1538年普雷韦扎海战和1560年杰尔巴岛之战（查理死后不久）的胜利之后，奥斯曼帝国的正规舰队开始统治东地中海，这两次胜利使西班牙海军陆战队遭受了严重的损失。与此同时，穆斯林的巴巴里海盗在苏丹的授权和监督下行动，经常摧毁西班牙和意大利海岸，削弱西班牙的贸易，破坏哈布斯堡政权的基础。

1536年，弗朗索瓦一世与苏莱曼结盟对抗查理。当弗朗索瓦在1538年被说服签署一项和平条约时，他在1542年再次与奥斯曼结盟，结成法奥同盟。

1543年，查理与亨利八世结盟，迫使弗朗索瓦签署了休战协议。

后来，在1547年，查理与奥斯曼签署了一项屈辱性的条约，以从奥斯曼战争的巨额开支中获得一些喘息的机会。

查理五世向萨法维王朝提议开辟第二条战线对抗奥斯曼帝国，试图建立哈布斯堡-波斯联盟。接触是积极的，但由于距离太远而变得困难。实际上，萨非王朝确实在奥斯曼-萨非战争中与奥斯曼帝国发生了冲突，迫使奥斯曼帝国分割其军事资源。

退位与死亡

此外，作为虔诚的天主教信徒，查理五世还是宗教改革运动的激烈反对者。在他在位期间，西属美洲的殖民地大大扩充，现代的智利和秘鲁被占领，使西班牙成为当时的海上霸主。

1554年至1556年间，查理五世逐渐将哈布斯堡帝国分为西班牙帝国和德奥帝国。他的退位发生在库登堡宫，因此被称为“布鲁塞尔退位”（德语为Abdankung von Brüssel，西班牙语为Abdicación de Bruselas）。

首先，他在1554年7月25日放弃了西西里岛和那不勒斯的王位，这两个地方都是教皇的封地，取而代之的是他的儿子费利佩。

费利佩已经在1540年和1546年秘密前往米兰，但直到1554年，皇帝才将其公之于众。在那不勒斯和西西里退位后，教皇朱利叶斯三世于10月2日将那不勒斯王国交给费利佩，并于11月18日将西西里王国交给了他。

一年后，也就是1555年10月25日，查理向荷兰众议员宣布，他在四十年前获得解放的皇宫大会堂重聚，他为即将拥有这些领土的儿子退位，并打算从所有领土上下台，这是最著名也是唯一的一次公开退位这是查理五世发表辞呈的时候：

“当我十九岁时，在皇帝（即马克西米利安一世）死后，我承诺成为皇冠的候选人，不是为了增加我的财产，而是更积极地为德国和我的其他王国的福利而工作，希望借此在基督教人民之间带来和平，团结他们的战斗力量，保卫天主教信仰，对抗奥斯曼帝国。这就是为什么我要做很多艰苦的旅行，发动很多艰苦的战争……但我从来没有故意发动战争，作为一个被攻击的人，这总是违背我的意愿……我曾抱着很大的希望——只有少数人得到了满足，只有少数人选择忠于我：付出了多大的努力，最终让我又累又恶心……不要以为我想逃避任何麻烦和危险：我的力量根本不够……至于我：我知道我犯了很多错误，很大的错误，首先是因为我年轻，然后是因为人的错误和我的激情，最后是因为疲劳。但我没有故意伤害任何人，不管是谁。如果不公正的事情发生了，而我不知道，只是出于无能：我公开表示遗憾，并请求原谅所有可能被我冒犯的人。”

他在演讲结束时提到了自己的航行：10次到低地国家，9次到德国，7次到西班牙，7次到意大利，4次到法国，2次到英国，2次到北非。他最后一句公开的话是：我的人生是一段漫长的旅程。

1556年1月16日，查理把西班牙和美洲的西班牙帝国交给了费利佩。8月3日，他将神圣罗马帝国的皇位交给弟弟费斐迪南。

直到1558年，在法兰克福聚集的王子选举人和1559年的教皇才承认了这一继承权。

根据学者的说法，查理决定退位的原因有很多：1555年德国的宗教分裂得到批准；西班牙的财政状况在他统治结束时因通货膨胀而破产；意大利战争在法国亨利二世的袭击下复苏；奥斯曼人在地中海和西班牙的不断推进欧洲中部；以及他日渐衰弱的健康状况，特别是痛风的发作，比如迫使他推迟夺回梅茨市的努力，他后来在那里被打败。

1556年9月，查理离开低地国家，在匈牙利的玛丽和奥地利的埃莱奥诺雷的陪同下航行到西班牙。

1557年，他来到埃斯特里马杜拉的尤斯特修道院。他继续广泛通信，对帝国的情况保持着兴趣，同时患有严重的痛风。他独自住在一个与世隔绝的修道院里，四周都是提香的画，墙上挂满了钟，一些历史学家认为这是他统治时期和他缺乏时间的象征。在他死前大约六个月，查理提前举行了自己的葬礼，葬礼上有裹尸布和棺材，之后，他“从棺材里站起来，回到了自己的公寓，充满了那种可怕的情绪，这种奇异的庄严是有意激发这种情绪的。”

1558年8月，查理患上了严重的疾病，后来发现是疟疾。

1558年9月21日凌晨，查理五世在乌斯特去世，享年58岁。直到死时，他手中仍然拿着妻子伊莎贝尔去世时一直拿着的十字架。

在查理统治期间，美洲的卡斯蒂利亚领土被赫尔南·科尔特斯和弗朗西斯科·皮萨罗等征服者大大扩展。他们征服了阿兹特克和印加帝国，并在1519年至1542年间将其并入帝国，成为新西班牙和秘鲁的总督。再加上1522年麦哲伦远征队环球航行的成功，这些成功使查理相信了他成为基督教世界领袖的神圣使命，基督教世界仍然感受到来自伊斯兰教的巨大威胁。这些征服也帮助巩固了查理的统治，为国库提供了大量的黄金。

正如征服者Bernal Díaz del Castillo所说：“我们来这里是为了侍奉上帝和陛下，为黑暗中的人们提供光明，也为了获得大多数人梦寐以求的财富。”当地西班牙人强烈反对，因为它假定印第安人和西班牙人平等。当地人想要完全控制劳动力，于是在15世纪70年代费利佩二世统治下获得了劳动力。

1518年8月28日，查理颁布了一项宪章，授权将奴隶从非洲直接运送到美洲。在此之前（至少从1510年开始），非洲奴隶通常被运到卡斯蒂利亚或葡萄牙，然后被转运到加勒比海。查理决定建立一个从非洲到美国的直接的、经济上更可行的奴隶贸易，这从根本上改变了跨大西洋奴隶贸易的性质和规模。

1528年，查理将委内瑞拉省的一个特许权转让给巴塞洛缪诉韦尔瑟，以补偿他无力偿还所欠的债务。租界，被称为克莱因威尼斯（小威尼斯），在1546年撤销。

1550年，查理在瓦拉多利德召开了一次会议，以审议对新大陆土著居民使用武力的道德问题，其中包括巴托洛梅·德·拉斯卡萨斯等人物。

早在1520年，查理五世就提出了在巴拿马修建美洲地峡运河的第一个想法。

查理五世为天主教奉献了全部忠诚乃至狂热。他是宗教改革运动的激烈反对者，并企图建立一个“世界天主教帝国”。

1521年，查理五世以皇帝身份传唤马丁·路德参加沃尔姆斯宗教会议（许诺保证路德的人身安全）。他在这次会议上宣布路德及其追随者为非法（1521年沃尔姆斯敕令）：

我是伟大的德国人民、西班牙天主教国王、奥地利大公爵和勃艮第公爵的大多数基督教皇帝的后代。所有这些人，他们的一生，都是罗马教会忠实的儿子……他们死后，根据自然法和遗产，他们离开了这些神圣的天主教仪式，让我们以他们为榜样，生死攸关。所以，我都是这些我们祖先的真正追随者。因此，我决心维持我的祖先们建立的一切。

尽管如此，查理五世信守诺言，让马丁·路德自由离开这座城市。智者约翰·弗里德里希一世，萨克森州的选举人和路德的保护者，对饮食的结果感到惋惜。在从沃姆斯回来的路上，路德被约翰·弗里德里希一世的手下绑架，藏在瓦特堡一座遥远的城堡里。在那里，他开始研究圣经的德语翻译。

路德教的传播导致了两次主要的起义：1522–1523年的骑士起义和1524–1525年托马斯·蒙策领导的农民起义。亲帝国的斯瓦比亚联盟与害怕社会叛乱的新教王子一起恢复了秩序，而查理五世则使用赦免的手段来维持和平。

此后，查理五世采取了宽容的态度，奉行与路德会和解的政策。

1530年，奥格斯堡帝国议会应查理五世皇帝的请求，决定了三个问题：

第一，保卫帝国免受奥斯曼帝国的威胁；

第二，与政策、货币和公共福利有关的问题；

第三，关于基督教的分歧，为了达成某种妥协，并有机会应对德国的形势。

6月20日，皇帝宣布了国会的开幕。它产生了许多结果，最明显的是1530年宣布的路德财产被称为奥格斯堡忏悔（Confessio Augustana），路德教的中心文件，提交给皇帝。路德的助手菲利普·梅拉希顿更进一步，向查理五世提交了路德·奥格斯堡的供词。

皇帝强烈反对，1531年，新教王子组成了施马尔卡尔同盟。

1532年，查理五世承认了联盟，并有效地中止了纽伦堡的法令。停摆要求新教徒继续参加针对土耳其人和法国人的帝国战争，并推迟宗教事务，直到教皇召集天主教会的一个普世会议来解决这个问题。

由于教皇推迟组织总理事会，查理五世决定组织一次德国峰会，并于1541年主持了天主教徒和路德会之间的雷根斯堡会谈，但没有达成妥协。

1545年，特伦特议会终于成立，反改革运动开始了。天主教的倡议得到了神圣罗马帝国一些王子的支持。然而，施马尔卡尔迪奇联盟拒绝承认该委员会的合法性和天主教王子的被占领土。因此，查理五世宣布施马尔卡尔迪奇联盟为非法，并在1546年对其展开敌对行动。

第二年，他的部队将联盟的部队赶出德国南部，并击败了选举人，萨克森的约翰·弗里德里希一世和黑森的菲利普一世，在缪尔堡战役中，两人都被俘虏了。

在1548年奥格斯堡过渡时期，他创造了一个解决方案，给予新教徒一定的津贴，直到特伦特委员会恢复团结。然而，双方成员都对过渡时期表示不满，一些人积极反对。

1550年，在路德会教徒的参与下，议会重新开放，查理五世在奥地利因斯布鲁克建立了帝国法院，距离特伦特足够近，以便他跟踪辩论的演变。

1552年，新教王子与法国亨利二世结盟，再次反叛，第二次施马尔卡尔战争开始。萨克森的莫里斯在第一次冲突中为帝国的胜利起到了重要作用，他转而支持新教，绕过帝国军队，直接进军因斯布鲁克，目标是夺取皇位。查理五世在一次袭击中被迫逃离该市，在一窝垃圾中抬着半清醒的状态下勉强活到维拉奇。查理五世未能从法国人手中夺回梅茨，于是在他统治的最后几年回到了低地国家。

1555年，他指示他的兄弟斐迪南以他的名义签署了《奥格斯堡和约》。这些协议导致了德国天主教和新教君主国之间的宗教分裂。

1518年3月22日，查理五世同被葡萄牙冷落的著名航海家斐迪南·麦哲伦签订协议，并同意资助麦哲伦环球旅行。

次年9月20日，麦哲伦率领5艘船、265名船员，从西班牙塞维利亚港出发，开始了人类历史上第一次环球航行。

1520年11月，由于天气恶劣和缺乏粮食，船队中的一艘船临阵脱逃，逃回西班牙，这些船员为了逃避责任，说麦哲伦已经背叛了。于是查理五世就愤然放弃对麦哲伦家庭的供给，麦哲伦的妻子儿女后来都饿死了（不过这时候麦哲伦可能已经不知道了），也认为麦哲伦已经不会回来完全环球任务了。

虽然麦哲伦于1521年4月在菲律宾被杀，但剩余的船队成员18人仍然排除艰险万阻，在1522年9月6日返回塞维利亚，完成了人类历史上第一次环球航行的壮举，还收获了许多香料。由于麦哲伦已经在途中已经死了，所以查理五世赐予了剩下那条船维多利亚号船长埃里·卡诺一枚带有地球标志的勋章，上面写着“你首次环绕我航行一周”，埃里·卡诺被公认为是麦哲伦死后完成环球旅行的领导者。

麦哲伦等人环球航行的成功，无可辩驳地证明了地球是一个圆球体，对于人类地理知识的扩大和科学的发展有重大意义。

在有生之年，查理五世有几个情妇，他的继外祖母，热尔梅娜·德·富瓦就是其中之一。这些关系发生在他单身期间，只有一次发生在他丧偶期间；没有记录表明他在婚姻期间有任何婚外情。

1507年12月21日，查理与11岁的玛丽·都铎订婚，玛丽是英国国王亨利七世的女儿，也是未来英国国王亨利八世的妹妹，后者将在两年后登上王位。然而，在托马斯·沃尔西的建议下，婚约于1513年取消，玛丽于1514年嫁给了法国国王路易十二。

在他登上西班牙王位后，查理抵达卡斯蒂利亚后不久就开始了婚姻谈判，卡斯蒂利亚的贵族们表达了他们的愿望，希望他与葡萄牙的表亲伊莎贝尔结婚，伊莎贝尔是葡萄牙国王曼努埃尔一世的女儿，她的母亲是阿拉贡的玛丽亚，查理的母亲疯女胡安娜的妹妹。贵族们希望查理与拥有卡斯蒂利亚血统的公主结婚，而与伊莎贝尔的婚姻将确保卡斯蒂利亚和葡萄牙之间的联盟。然而，这位18岁的国王并不急于结婚，他无视贵族们的建议，探索其他的婚姻选择。

1518年，他没有娶伊莎贝尔，而是让姐姐埃莱奥诺雷嫁给了伊莎贝尔鳏居的父亲曼努埃尔国王。

1521年，在弗兰德斯顾问，特别是威廉·德克罗的建议下，查理与他的另一位表亲玛丽（未来的玛丽一世）订婚，玛丽是他的小姨阿拉贡的凯瑟琳和亨利八世国王的女儿，以确保与英国结盟。然而，这一订婚是非常有问题的，因为玛丽当时只有6岁，比查理小16岁，这意味着他要等她长大才能结婚。

到了1525年，查理不再对与英国结盟感兴趣，也迫不及待地要有合法的子女和继承人。在帕维亚战役中获胜后，查理放弃了与英国结盟的想法，取消了与玛丽的订婚，决定与伊莎贝尔结婚，与葡萄牙结盟。他写信给伊莎贝尔的哥哥葡萄牙国王若昂三世，签订了一份双重婚姻合同——查理将娶伊莎贝尔，若昂将娶查理最小的妹妹奥地利的卡塔琳娜。与伊莎贝尔结婚对查理来说更为有利，因为她在年龄上更接近他，西班牙语说得流利，并为他提供了90万葡萄牙克鲁扎多的非常丰厚的嫁妆，这将有助于解决意大利战争带来的财政问题。

1526年3月10日，查理和伊莎贝尔在塞维利亚的阿尔卡扎尔宫会面。这段婚姻原本是一种政治安排，但在第一次见面时，这对夫妇就深深地陷入了爱河：伊莎贝尔以她的美貌和魅力迷住了皇帝。就在同一天晚上，午夜过后，他们在大使馆举行了一个安静的婚礼。婚礼之后，查理和伊莎贝尔在格拉纳达的阿罕布拉度过了一个漫长而快乐的蜜月。查理于1527年开始修建属于查理五世的宫殿，希望在阿罕布拉宫建立一个适合皇帝和皇后的永久住所。然而，这座宫殿在他们有生之年并没有完工，直到20世纪末才有屋顶。

尽管皇帝因海外政治事务长期缺席，但这段婚姻还是美满的，因为双方都忠于对方。皇后在丈夫缺席期间担任西班牙摄政王，她证明了自己是一位优秀的政治家和统治者，她的许多政治成就和决策给皇帝留下了深刻的印象。

这段婚姻持续了13年，直到1539年伊莎贝尔去世。皇后在第七次怀孕的第三个月发烧并催生了产前并发症，导致她流产了一个死胎。由于感染，她的健康状况进一步恶化，两周后，她于1539年5月1日去世，享年35岁。妻子的死让查理非常悲痛，他把自己关在一个修道院里两个月，在那里他孤独地为她祈祷和哀悼。查理从未从伊莎贝尔的死中恢复过来，余生都穿着黑色的衣服以表示他永恒的哀悼，而且，与当时的大多数国王不同，他从未再婚。

为了纪念他的妻子，查理委托画家提香为伊莎贝尔绘制了几幅遗作；完成的肖像包括提香为葡萄牙的伊莎贝尔皇后和拉格洛里亚（La Gloria）所绘制的肖像。查理旅行时随身携带这些画，这些画是他退休后随身携带的1557年被送到尤斯特修道院。

1540年，查理为了纪念伊莎贝尔，委托佛兰芒作曲家托马斯·克雷奎隆创作了新的音乐。克里奎隆为纪念皇后而写了一首《私人弥撒》。它表达了皇帝的悲痛和伟大的愿望，那就是与他心爱的妻子团聚。

查理患有下颚突出综合征，这是一种先天性畸形，在后来的哈布斯堡世代中变得更为严重，因此被称为哈布斯堡下颌。

这种畸形可能是由于家族长期的近亲繁殖所造成的，这种近亲繁殖是家族成员之间反复通婚的结果，当时的皇室为了维持王朝对领土的控制而普遍实行这种做法。

查理还患有癫痫症和严重的痛风，大概是由于饮食主要是红肉引起的。随着年龄的增长，他的痛风从疼痛发展到致残。退休后，他坐在轿子里被抬到圣尤斯特修道院。为了方便他进入房间，修道院专门建造了一个坡道。

由于费利佩二世是葡萄牙国王曼努埃尔一世的孙子，所以他通过他的母亲继承了葡萄牙的王位，并在他舅舅死后（1580年，枢机国王恩里克一世）继承了王位，从而在西班牙和葡萄牙之间建立了个人联盟。

查理五世死后，最初被埋葬在Yuste修道院的教堂里，但他在遗嘱中留下了一份附录，要求建立一个新的宗教基金会，他将与伊莎贝拉重新葬在一起。在他于1559回到西班牙之后，他们的儿子费利佩在建立圣洛伦佐·德埃斯科里亚尔修道院时，承担了实现父亲愿望的任务。

1574年，修道院的皇家墓穴完工后，查理和伊莎贝拉的遗体被重新安置，并重新安葬在皇家礼拜堂祭坛正下方的一个小墓穴中，这是按照查理希望与伊莎贝拉并排安葬在“祭坛下半身，祭司脚下半身”的愿望。他们留在皇家小教堂，而著名的大教堂和皇家陵墓仍在建设中。

1654年，在他们的曾孙费利佩四世统治时期，长方形会堂和皇家陵墓终于完工后，查理和伊莎贝拉的遗体被移入国王的皇家万神殿，万神殿就在长方形会堂的正下方。长方形会堂的一侧是查理和伊莎贝拉的青铜肖像以及他们的女儿奥地利的玛丽亚的肖像，查理的姐妹奥地利的埃莱奥诺雷和匈牙利的玛丽的肖像在他们身后。在教堂的对面，是他们的儿子费利佩和他的三个妻子，他们的孙子、阿斯图里亚斯亲王卡洛斯的肖像正好与其相邻。