顺治四年（1647），由
荫生任山东
高苑县知县。
考满，迁河南
信阳州知州。顺治十一年（1654），得到
经略洪承畴推荐，擢
湖广长沙知府。大兵进剿
南明桂王朱由榔，高天爵理饷济军。顺治十三年（1656），因父病假归。
顺治十六年（1659），补江西
建昌府知府。先是
广昌县山贼王昂、傅胜、辛连升、周由义、陈太宇、萧来信、夏登选等聚党数千，踞羊石、滴水二砦为巢穴，官军仰攻，辄为滚木礧石所伤，罢攻，招降，贼王昂、傅胜佯就抚，仍伺隙煽乱。官军毙之狱中，余贼益负固。顺治十八年（1661），高天爵会
巡道张永祺、
参将王之任议乘风雨交作，漂流树木冲断桥梁，贼俱归巢，出不意直捣之，斩贼千余，尽毁其巢，生擒辛连升、周由义、陈太宇、萧来信、夏登选及王昂之父王尚智，并斩于军。
巡抚张朝璘疏报：“十年砦贼，一旦扫除，由道府区画周详，捐赀悬赏，鼓励士卒冒险奏功”。诏下部察叙，高天爵得军功加级。
康熙十三年（1674），
耿精忠在
福建叛乱，纵党入江西，犯建昌，时高天爵已擢
两淮盐运使，有人劝他速速离开，高天爵答：“守此土十六年，虽受代，不可遽离”，于是率家丁数十人御贼万年桥。城守
副将赵印已降贼，乘高天爵力战，从后缚之，献贼，载送入闽，再三诱降，不屈，囚之。越岁余，与副将王进，
武举胡守谦，
把总杨起鹏、姜山等同谋，遣
千总徐得功出
仙霞岭迎大军入关，阴结死士为内应。贼党侦而讦之，康熙十五年（1676）九月四日，遇害。
康熙三十五年（1696），福建巡抚
卞永誉请以高天爵与原任
福宁总兵吴万福、
福州府知府王之仪、
邵武府知府张瑞午、
建宁府同知喻三畏、邵武府同知高举、
侯官县知县
刘嘉猷、
尤溪县知县
李埙、福州城守千总廖有功等合建一祠于省城西门外，春秋致祭。