南通市人民政府（The People's Government of Nantong Municipality）是中华人民共和国江苏省南通市的行政管理机关，办公地址位于江苏省南通市崇川区世纪大道6号。

1949年2月2日，华中九分区部队将红旗插上钟楼顶，至此，南通城全境解放 。

1949年2月4日（南通城解放的第三天），华中行政办事处发布《南通市政府布告》,“兹决定划唐家闸、天生港、南通城、陆洪闸、狼山一带地区，为南通市，并委任叶胥朝为市长，邹强为副市长。”南通市人民政府于当日成立，一系列整改措施、布告陆续出台，南通城渐入正轨。

市长：张彤

副市长：王晓斌、王凯、彭大刚、李柚、刘洪、李玲、凌屹、于立忠、杨广学

秘书长：丁锋

根据南通市人民政府网站发布，截至2024年3月29日，南通市人民政府工作部门（南通市政府机构）共有34个。

南通市人民政府办公室（南通市人民政府研究室）

南通市发展和改革委员会（南通市粮食和物资储备局）

南通市自然资源和规划局（南通市林业局、南通市海洋局）

南通市住房和城乡建设局（南通市地震局）

南通市城市管理局（南通市城市管理综合行政执法局）

南通市交通运输局（南通市港口管理局）

南通市农业农村局（南通市政府扶贫工作办公室）

南通市商务局（南通市口岸办公室）

南通市文化广电和旅游局（南通市文物局）

南通市卫生健康委员会（南通市中医药管理局）

南通市人民政府外事办公室（南通市政府港澳事务办公室）

南通市数据局（南通市政务服务管理办公室）

南通市市场监督管理局（南通市知识产权局）

中国江苏省南通市崇川区世纪大道6号