元朝
户部尚书张昶最早提出
卫所。
洪武十七年（1384），在全国的各军事要地，设立军卫。一卫有军队五千六百人，其下依序有
千户所、
百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于
五军都督府，亦隶属于
兵部，有事调发从征，无事则还归
卫所。此法的实行，须有一套能保障军队数目的户籍制度配合，来维持卫所制的
运行。
明朝的卫所兵制，实乃吸取中国历史
屯田经验，是一种寓兵于农，守屯结合的建军制度。朱元璋说：“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”
军户即户籍种类属军籍之户，初期的来源有二，一是元代原本的军户，二是现役军人之户，这在洪武二十一年（1388）
黄册编造之后更加以确立。军户为世袭，且管理颇严格，除籍十分困难，大致上除非丁尽
户绝、家中有人成为高官或是皇帝敕免，是无法除军籍的。尽管如此，日久军户仍日渐减少,
庞尚鹏主张：“清查隐占，均平粮额，开垦抛荒最为目前急务”，因此后来有使因犯罪而
充军者入
军籍之方法，被称作“恩军”或“长生军”。
军户的主要的义务，便是出一丁男赴卫所当兵，称作“
正军”，其他的子弟称作“馀丁”或“军馀”，正军赴卫所，至少要有一名馀丁随行，以助其生活，由于军户负担沉重，故多给有田地，且正军免全部差役，而在营馀丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活并供给正军之生活。如影响所有民间秘密宗教的
罗教创始人罗思孚，本是一名戍军，后来找人顶替之后，才离开军伍。
军丁的分发地点，多以距离原籍地遥远且分散的方式，以防止逃兵，但长途的跋涉加上水土不服，给
役卒带来不少痛苦。正军服役于卫所，必须带妻同行，以安定生活并生儿育女，每一军人有房屋、田地，每月有固定的月粮，但实际情形则常分配不足，行军时则发给口粮，衣装则须自备，武器则由国家以工匠生产。军士在营，分成守备和屯田二部分，比例不定，按时轮流，屯田固定上交粮食，以供给守备军及官吏，其目标在养兵而不耗国家财力，但
明宣宗以后，卫所官侵占军屯田地、私役军士耕种之事，已经常发生，这个目标渐难以达到。
一般正军身死，即以户中壮丁补充，但由于军人生活困苦，逃兵甚多，洪武初年即有逃兵，至洪武三年十一月，逃亡者计47986人，因此有“根补”、“勾补”等方法。根补即抓回逃军，勾补则由其户中以丁补，但此举既扰民又扰官，亦有军官藉此贪污，迫害人民，使乡里间痛苦不堪。而且逃兵有增无减。
正统三年（1438），逃亡官军竟达1633664人这时开始有募兵之举。
正德十四年，
吏部尚书王琼上疏：“天下
都司卫所每岁差去勾军官旗不下一万六七千名，计所勾之军，百无一二到卫。有自洪武、永乐年间差出，到今三十余年，在外娶妻生子，住成家业，通同
军户，窝藏不回。”
嘉靖八年，
桂萼公布天下兵籍，仅有兵士九十七万。军士的逃亡，除生活上的因素外，与其社会位的低落亦有关。明初因需要武力，故较重视军人，其后承平日久，武力不再重要，军人地位就大为降低，加上以罪犯充军，使的军人的形象更为低下。嘉靖年间，有些卫所逃亡军士达到在籍军士70%左右。至16世纪初，一些卫所的逃亡军士已达其总数的80%，许多边地驻军只剩下一半。
嘉靖时期，边患严重，急需兵力，朝廷改采
募兵制。募兵不同于
卫所军，不世袭，来去相对自由。但由于募兵制破坏了早期卫守制“兵帅分离”的构想，
内阁必须将兵权下放于将领，明朝无法完全掌控
兵权，尤以
戚继光的“
戚家军”更为有名，
中央集权逐渐转变成为个别军官所拥有的势力。
卫所制度所管理
都指挥使司大抵5600名军人为一卫，1120人为一所，一般每卫设左、右、中、前、后5个千户所；112人为一个
百户所，百户所设总旗2个（每总旗辖50人）、小旗10个（每小旗辖10人）。此外，还有一种单独驻扎一个地方，直接归都指挥使司管辖指挥的千户所，叫做
守御千户所；还有一种称为“御”（设置数量不多）的军事机构，管2到3个千户所。洪武二十三年（1390）时，全国共有内、外卫547个，所2563个。
卫所军队都有固定的戍所。卫所由朝廷根据各地的防卫、战略需要而设置，或数府一卫，或一府数卫，或一府、一州一个千户所，视各地战略地位之重要与否而定，固定驻屯戍守。从
云南来说，
云南都指挥使司所统领的卫所数量，各个时期有所不同，最多时有20卫、3御、18（守御）所，共有133个千户所，卫军约148960人。这些卫所遍布全省各地，指挥和镇抚大都驻在城里。如
云南府为都司城，曲靖、临安、楚雄、蒙化为卫城，陆凉、平夷、越州也是卫城，宜良、安宁、易门、杨林、武定、马隆、木密、凤梧为千户所城，通海为御城。其余瀓江、广西（今
泸西）等府、州、县的城里亦有卫所兵分驻，负责城防，所谓的“以武卫文”。近城的坝区分千户、百户、总旗、小旗，屯戍垦殖，散为村落。交通沿线也有军户屯田，在驿站冲要之地，设堡军屯田。而哨戍大都在山区，拨军驻守。